9laz

Cryo-EM structure of the lipid-bound succiante dehydrogenase from Chloroflexus aurantiacus

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 140.1 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9laz
沉积日期 deposition_date	2025-01-02
结构标题 title	Cryo-EM structure of the lipid-bound succiante dehydrogenase from Chloroflexus aurantiacus
关键词 keywords	succinate: menaquinone oxidoreductase; succinate dehydrogenase; electron transfer; MEMBRANE PROTEIN, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.38 Å
零角强度 I(0) i0	2195400000.00
分子量 molecular_weight	392220.0 kDa
排除体积 excluded_volume	490690 Å³
包络体积 envelope_volume	610940 Å³
水化壳体积 shell_volume	103700 Å³
包络直径 envelope_diameter	141.9 Å
壳层 Rg shell_rg	54.93 Å
包络 Rg envelope_rg	45.94 Å
形状 Rg shape_rg	46.46 Å
总 Rg total_rg	46.36 Å
总原子数 total_atoms	27469
残基数 n_residues	3381
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	140.1 Å
Rg (实空间) rg_real	46.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1360e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7020e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2196000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7314
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	61.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.076
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.558
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	2.1290
最高正则化参数 α highest_alpha	185300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.966; Stabil: 0.920; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.882

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

描述 description	Succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit
分子量 formula_weight	73373.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.3.99.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G
原子数 atom_count	27469

MSETKNETTVRTGTRQVEYVSVLDSKVPTGPIEQRWDKHRFEMKLVNPANRRKYTIIVVGSGLAGASAAATLGEAGYNVLCFCYQDSPRRAHSIAAQGGINAAKNYRNDGDSIYRLFYDTVKGGDFRARESNVYRLAQVSVNIIDQCVAQGVPFAREYGGLLDNRSFGGAQVARTFYARGQTGQQLLLGAYQALSRQIAAGTVKMFPRTEMLDLVVVDGRARGIITRDMVTGKITRYAADAVVLATGGYGNVFYLSTNAKGCNATAIWRAHRRGAFFGNPCFTQIHPTCIPVSGEYQSKLTLMSESLRNDGRIWVPKKKGDTRRPQDIPESERDYYLEERYPSFGNLVPRDIASRAAKQVCDEGRGVGPGGLGVYLDFADAIKRLGRQKIAERYGNLFDMYKQITGEDPYETPMRIYPAVHYTMGGLWVDYNLQSTIPGLFVIGEANFSDHGANRLGASALMQGLADGYFILPYTIANFLAQVKPGGVSIDRPEFAEAEAEINQRIQRLLSIRGKRTVDSFHRELGKLMWDKCGMARNAAGLREALQRIPEIRAEFWENVNVPGEANDLNQALEKAGRVADFLELAELMCLDALHREESCGGHFREEYQTPDGEALRNDEQFSYVAAWEFTGDLAKPRLHKEPLVFEYVKPTQRSYK

Entity 2 polymer

描述 description	4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein
分子量 formula_weight	28110.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H

MKITLKIWRQKNRNTPGEFKTYVMDNVNPDMSFLEMLDVLNEDLMSRGEEPVAFDHDCREGICGMCSLMINGVAHGPKNAITTCQLHMRSFKDGDTITVEPWRASAFPILKDLVVDRSAFDRIIQAGGYISVSTGSAPDANTIPVSKVAADRAMDAAACIGCGACVAACPNGSAMLFTAAKVTHLALLPQGQPERYQRVVNMVAQADFEGFGNCTNIGECAAVCPKEISLETIAQLNRDLVMAALRGIEPNTPIVPATTR

Entity 3 polymer

描述 description	Succinate dehydrogenase (Or fumarate reductase) cytochrome b subunit, b558 family
分子量 formula_weight	27141.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I

MTGVLTLTRTSVGKKVIMALTGFVLVGFVVFHMYGNLKMYQGPEVYNAYAAGLRELGYPIFGHEHLLWIARFILLASVFLHIWAATSLTLQSRRSLQASSISTVRRYGQHKRQSGYADYTMRFGGVLIFFFIIYHILHLTFGVVGYEPGQFIHPHGDVYETYNNVVYGFQNPLIVGFYLLTMVFLALHLYHGVWSMFQTLGWNNRTYDRLLRGLAIVVAAAVFIGNISFPLAVYFGFVA

Entity 4 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	SUCCINIC ACID
分子量 formula_weight	118.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 8 non-polymer

描述 description	FE3-S4 CLUSTER
分子量 formula_weight	295.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 9 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 10 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 11 non-polymer

描述 description	(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
分子量 formula_weight	749.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 12 non-polymer

描述 description	(1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
分子量 formula_weight	720.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.69 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	69415

fit	/app/data/saxs_computation/la/9laz/9laz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/la/9laz/9laz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/la/9laz/9laz.dat

Cryo-EM structure of the lipid-bound succiante dehydrogenase from Chloroflexus aurantiacus

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)