9lbn

The composite cryo-EM structure of the head-to-tail connector and head-proximal tail components of bacteriophage phiXacJX1

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 243.5 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lbn
沉积日期 deposition_date	2025-01-03
结构标题 title	The composite cryo-EM structure of the head-to-tail connector and head-proximal tail components of bacteriophage phiXacJX1
关键词 keywords	Xanthomonas phage, head-to-tail connector, tail, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	82.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	85.22 Å
零角强度 I(0) i0	438283000.00
分子量 molecular_weight	174220.0 kDa
排除体积 excluded_volume	217860 Å³
包络体积 envelope_volume	448340 Å³
水化壳体积 shell_volume	52457 Å³
包络直径 envelope_diameter	292.5 Å
壳层 Rg shell_rg	53.97 Å
包络 Rg envelope_rg	86.35 Å
形状 Rg shape_rg	85.21 Å
总 Rg total_rg	84.46 Å
总原子数 total_atoms	12264
残基数 n_residues	1612
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	243.5 Å
Rg (实空间) rg_real	82.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.3380e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.9680e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	75.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	429900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6328
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	4
主峰位置 r_peak_primary	38.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.517
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.842
角度范围 angular_range	— – 0.0950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0271
最高正则化参数 α highest_alpha	11620000.0000
实空间数据点数 n_real_points	20
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.252; Stabil: 0.966; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.163; Smooth: 0.344

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	portal protein gp1
分子量 formula_weight	46652.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,h
原子数 atom_count	12264

MSENERPGLLGRVMSAFKPKAADAVTVASFSQRDAGLYIGSRFTSDAGREVSVQTAMSLDAVQACVKLISQSIAAMPLYLYKKTPDGRKEAVNHPLYDLLLSAPNSSQTAFEFFECILTAMLLHGNAYVRKLMSNGKIESLQFMHSSRLTISQDARGAYKYAYRKLDGTQIDVPSAQVWKIRGYSLDGENGISAIQYGAQVFGTALAAERQAGRAFTNGNLQQIYYSVAAFLTPEQREQFSANVAQSVESGRTPVLEGGIDVKALGLNPADAQLLQSRNYSVESICRFFAVPPSMIGHASAGTTSWGSGIEAQQLAFLGLTLAPWLRRIEQSLSLDLLTPGERRQYFVDYDVTTLLRADSAARSSFYATMVNNGVMTRDECREAEGLPKLGGNASVLTVQSAMVPLDEITNNTGADPAAAQGTTSLDRSAQ

Entity 2 polymer

描述 description	adaptor protein gp5
分子量 formula_weight	12313.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,i

MALTLAMVQRHLQADLIEDDERSYVMEQLLPAARESAEMFLNRNIYSTSEELAAAVAAGTAGQYPLVTPRAVEQAILLMLGDFYRDREATGKPVSTSAHNLLYPYRVKVGV

Entity 3 polymer

描述 description	stopper protein gp6
分子量 formula_weight	13217.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MPISAGSLKTRLLAQRRTSGTDDWGAPVQGWSDLGLFSGDVKNDTGLGAIRTAAGSGLPASIAKYSIKVRSEVIRRWSINSADRIIGRLPFSTQEMVFSVTGVISDFADPSMAYILVEAGADEQ

Entity 4 polymer

描述 description	terminator protein gp8
分子量 formula_weight	13104.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MTYGPILKQLLSPYFSGRVFPDAAPDVPGQDPYVIYQRVGGIPTYFTEGALADKANARVQLEVWSTSKQATYEAMVHIMRSVAAAPAMEPLGQPIDDYEPALRIYGSRVDISMYYNLT

Entity 5 polymer

描述 description	tube protein gp9
分子量 formula_weight	22315.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,M

MALTLPKGIVFGFAPITSTTSSVTGVTRAAPPVATGTMLTAGTTVLVRSNTWTGINNRISVVDANKALQGFDTTDTTTYPGTSGPVELITVGAFVNFTQQGEPSTSGGDQQFWNGQLLEDRSGRQLAIPTFKNAKTLTLPLYMDTSLPWYAAAKAADARGEPVAVRMLLPNGDASYNYGYMSFDGDATITANAPITNVATFTFLSDSTLVEA

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	79701

fit	/app/data/saxs_computation/lb/9lbn/9lbn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lb/9lbn/9lbn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lb/9lbn/9lbn.dat

The composite cryo-EM structure of the head-to-tail connector and head-proximal tail components of bacteriophage phiXacJX1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)