9ld3

;The complex structure of K63A/2',3',5'-P-A/ADPR ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 89.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ld3
沉积日期 deposition_date	2025-01-05
结构标题 title	;The complex structure of K63A/2',3',5'-P-A/ADPR ;
关键词 keywords	;Kpta, complex, mutat, 2', 3', 5'-p-A, ADPR, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.37 Å
零角强度 I(0) i0	62953100.00
分子量 molecular_weight	39966.0 kDa
排除体积 excluded_volume	37774 Å³
包络体积 envelope_volume	64520 Å³
水化壳体积 shell_volume	22977 Å³
包络直径 envelope_diameter	87.2 Å
壳层 Rg shell_rg	30.58 Å
包络 Rg envelope_rg	24.40 Å
形状 Rg shape_rg	24.38 Å
总 Rg total_rg	24.87 Å
总原子数 total_atoms	3017
残基数 n_residues	358
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.9 Å
Rg (实空间) rg_real	24.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.85 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.2950e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.6770e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	62950000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7508
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	22.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.400
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.396
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	26020000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.699; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.665; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	;Probable RNA 2'-phosphotransferase ;
分子量 formula_weight	20920.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.-
突变 mutation	K63A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3267

MKPERKRVSKLMAYILRHSPEEFGLRPDVEGFVSLNELVNALKTVYPEVTEEFVREIVENDPAGRYEIRGDRIRARYGHSFPVSLDHEEDTESRFLYHGTPRRNLPSILKEGLKPMKRQYVHVSTDKIEALETGRRHGREVVLLVIDAECLRKRGFKIYKAGKNVRIVERVPPDCITLAV

来源 Source

来源生物 organism	Thermococcus kodakarensis
通用名 common_name	Pyrococcus kodakaraensis (strain KOD1)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	69014
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	;[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE ;
分子量 formula_weight	559.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-diphosphonooxy-oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	244

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	71.647 Å
晶胞边长 b length_b	87.862 Å
晶胞边长 c length_c	65.528 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.820 Å
最低分辨率 resolution_low	55.530 Å
R 因子 r_factor	0.1801
R_work r_work	0.1782
R_free r_free	0.2164

fit	/app/data/saxs_computation/ld/9ld3/9ld3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ld/9ld3/9ld3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ld/9ld3/9ld3.dat

;The complex structure of K63A/2',3',5'-P-A/ADPR ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction