9lda

;The complex structure of K63A/5'-p-ADPR-DNA ;

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 57.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9lda

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9lda
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9lda
沉积日期 deposition_date2025-01-05
结构标题 title;The complex structure of K63A/5'-p-ADPR-DNA ;
关键词 keywordsKpta, complex, DNA, ADPR, TRANSFERASE/DNA, TRANSFERASE-DNA complex; TRANSFERASE/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.40
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.89
零角强度 I(0) i016744500.00
分子量 molecular_weight20029.0 kDa
排除体积 excluded_volume18955 ų
包络体积 envelope_volume30594 ų
水化壳体积 shell_volume15448 ų
包络直径 envelope_diameter57.3
壳层 Rg shell_rg22.45
包络 Rg envelope_rg17.18
形状 Rg shape_rg16.92
总 Rg total_rg17.51
总原子数 total_atoms1513
残基数 n_residues181
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax57.9
Rg (实空间) rg_real17.38
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.37
I(0) (实空间) i0_real1.6740e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0900e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.38
I(0) (倒空间) i0_reciprocal16740000.0000
解质量估计 total_estimate0.7987
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary20.1
偏度 Skewness skewness0.364
峰度 Kurtosis kurtosis-0.288
角度范围 angular_range— – 0.4550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5078000.0000
实空间数据点数 n_real_points76
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.800; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.000

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (6)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)