9ldg

The structure of TkoKptA/DNA/Appr>P complex-B

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 89.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ldg
沉积日期 deposition_date	2025-01-06
结构标题 title	The structure of TkoKptA/DNA/Appr>P complex-B
关键词 keywords	Kpta, complex, DNA, Appr>p, TRANSFERASE/DNA, TRANSFERASE-DNA complex; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.62 Å
零角强度 I(0) i0	74992600.00
分子量 molecular_weight	43131.0 kDa
排除体积 excluded_volume	40183 Å³
包络体积 envelope_volume	72486 Å³
水化壳体积 shell_volume	21178 Å³
包络直径 envelope_diameter	87.5 Å
壳层 Rg shell_rg	35.90 Å
包络 Rg envelope_rg	28.04 Å
形状 Rg shape_rg	28.72 Å
总 Rg total_rg	28.99 Å
总原子数 total_atoms	3234
残基数 n_residues	373
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.8 Å
Rg (实空间) rg_real	28.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.4990e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0670e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	74990000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8596
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	22.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.270
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.874
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6761000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.847; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.709; Smooth: 0.922

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	;Probable RNA 2'-phosphotransferase ;
分子量 formula_weight	20978.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3273

MKPERKRVSKLMAYILRHSPEEFGLRPDVEGFVSLNELVNALKTVYPEVTEEFVREIVENDPKGRYEIRGDRIRARYGHSFPVSLDHEEDTESRFLYHGTPRRNLPSILKEGLKPMKRQYVHVSTDKIEALETGRRHGREVVLLVIDAECLRKRGFKIYKAGKNVRIVERVPPDCITLAV

来源 Source

来源生物 organism	Thermococcus kodakarensis
通用名 common_name	Pyrococcus kodakaraensis (strain KOD1)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	69014
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APAPAPAPAPAPAPAPAPA)-3') ;
分子量 formula_weight	3087.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,D

AAAAAAAAAA

Entity 3 non-polymer

描述 description	;[[(3~{a}~{R},5~{R},6~{R},6~{a}~{R})-2,6-bis(oxidanyl)-2-oxidanylidene-3~{a},5,6,6~{a}-tetrahydrofuro[2,3-d][1,3,2]dioxaphosphol-5-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate ;
分子量 formula_weight	621.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	39

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	60.078 Å
晶胞边长 b length_b	59.397 Å
晶胞边长 c length_c	65.749 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.04 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	29.660 Å
R 因子 r_factor	0.2386
R_work r_work	0.2359
R_free r_free	0.2896

fit	/app/data/saxs_computation/ld/9ldg/9ldg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ld/9ldg/9ldg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ld/9ldg/9ldg.dat

The structure of TkoKptA/DNA/Appr>P complex-B

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)