9leg

AMO complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 137.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9leg
沉积日期 deposition_date	2025-01-07
结构标题 title	AMO complex
关键词 keywords	AMO complex, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.62 Å
零角强度 I(0) i0	2996260000.00
分子量 molecular_weight	337120.0 kDa
排除体积 excluded_volume	348570 Å³
包络体积 envelope_volume	594520 Å³
水化壳体积 shell_volume	104980 Å³
包络直径 envelope_diameter	135.3 Å
壳层 Rg shell_rg	54.64 Å
包络 Rg envelope_rg	43.05 Å
形状 Rg shape_rg	43.38 Å
总 Rg total_rg	44.45 Å
总原子数 total_atoms	28200
残基数 n_residues	2919
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	137.3 Å
Rg (实空间) rg_real	44.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9960e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9980e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2998000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8861
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	0
主峰位置 r_peak_primary	— Å
偏度 Skewness skewness	0.009
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.493
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	209600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.879; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.957; Smooth: 0.919

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (13)

Entity 1 polymer

描述 description	Ammonia monooxygenase subunit A
分子量 formula_weight	31736.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,L,U
原子数 atom_count	28749

MFRTEEILKAAKMPPEAIHMSRMIDAVYFPILIVLLVGTYHMHFMLLAGDWDFWLDWKDRQWWPVVTPIVGITYCAAIMYYLWVNYRQPFGATLCVISLLIGEWLTRYWGFYWWSHYPINFVTPGIMLPGALMLDFTLYLTRNWLITALVGGGFFGLLFYPGNWAIFGPTHLPIVVEGTLLSMADYMGHLYIRTGTPEYTRLIEQGSLRTFGGHTTVIAAFFAAFVSMLMFTVWWYLGKVFCTAFFYVKGKRGRIVHREDVTAFGEEGFAEGIK

来源 Source

来源生物 organism	Nitrosomonas halophila
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	44576
宿主生物 host_organism	Nitrosomonas halophila

Entity 2 polymer

描述 description	Ammonia monooxygenase subunit B
分子量 formula_weight	46935.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,M,V

MDIKNLYKRSVMGLYGVAYAAAALAMTVTLDVSTVAAHGERSQEPFLRMRTVQWYDLKWGPEVTKVNEHAKITGKFHLAEDWPRAAARPDRAFFNVGSPSPVFVRLSTKINGHPWFISGPLQIGRDYEFETNLRARIPGRHHMHAMLNVKDAGPIAGPGAWMNITGSWDDFTNPLKLLTGETIDSETFNLSNALFWHILWFSIGVFWIGIFVARPMFLPRSRVLLAYGDDLLLDPMDKKITMVMAILTLALVWGGYRYTENKHPYTVPIQAGESKVAPLPVAPNPVAIRVTYANYDVPGRALRVTMEVTNNGDAPVNFGEFTTAGIRFVNSVGRKHLDPSYPRELVAVGLTFDDESAIQPGETKEVKMEAKDALWEIQRLMALLGDPESRFGGLLMSWDEEGNRHINSIAGAVIPVFTKL

来源 Source

来源生物 organism	Nitrosomonas halophila
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	44576
宿主生物 host_organism	Nitrosomonas halophila

Entity 3 polymer

描述 description	Ammonia monooxygenase subunit C
分子量 formula_weight	31698.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,N,W

MATTMGTSSASSTSERGYDMSLWYDSKWYKFGMTTMLLVAIFWVWYQRTFAYSHGMDSMEPEFDRIWMGLWRVHMTIMPLFALITWGWIWKTRDTKEQLDNLDPKLEIKRYFYWLMWIGVYIFGVYWGGSFFTEQDASWHQVIIRDTSFTPSHVVVFYGSFPMYIVCGIAAYLYAMTRLPLYSRGISFPLVMAIAGPLMILPNVGLNEWGHAFWFMEELFSAPLHWGFVILGWAGLFQGGIAAQIVTRYSNLTDVIWNNQSKEILNNRIVA

来源 Source

来源生物 organism	Nitrosomonas halophila
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	44576
宿主生物 host_organism	Nitrosomonas halophila

Entity 4 polymer

描述 description	Lipoprotein
分子量 formula_weight	7051.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,O,X

MKVVYAIAIVTAVLFLSACGRPSQALPETEKEAYEKIVAGEKLDCPHGLDGNGKCLKEGDSGIPDGH

来源 Source

来源生物 organism	Nitrosomonas halophila
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	44576
宿主生物 host_organism	Nitrosomonas halophila

Entity 5 polymer

描述 description	AmoD
分子量 formula_weight	5046.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,P,Y

MGYDEETTRREEAKEKEAWKVAIGATVAFIVIGFLIWSTGMGGKY

来源 Source

来源生物 organism	Nitrosomonas halophila
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	44576
宿主生物 host_organism	Nitrosomonas halophila

Entity 6 non-polymer

描述 description	(2~{R})-2-azanyl-3-[[(2~{R})-2-hexadecanoyloxy-3-pentadecanoyloxy-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-propanoic acid
分子量 formula_weight	721.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 7 non-polymer

描述 description	DECANOIC ACID
分子量 formula_weight	172.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	51

Entity 8 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 9 non-polymer

描述 description	(2S)-2,3-dihydroxypropyl hexadecanoate
分子量 formula_weight	330.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 10 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 11 non-polymer

描述 description	[(2~{S})-2-hexadecanoyloxy-3-[methoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-propyl] hexadecanoate
分子量 formula_weight	662.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 12 non-polymer

描述 description	(2R)-3-HYDROXYPROPANE-1,2-DIYL DIHEXADECANOATE
分子量 formula_weight	568.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 13 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	549

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.36 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	94482

fit	/app/data/saxs_computation/le/9leg/9leg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/le/9leg/9leg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/le/9leg/9leg.dat

AMO complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (13)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)