9lew

The crystal structure of DinJ-YafQ complex from Vibrio cholerae

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 92.7 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lew
沉积日期 deposition_date	2025-01-07
最后修订 last_revision	2025-07-30
结构标题 title	The crystal structure of DinJ-YafQ complex from Vibrio cholerae
关键词 keywords	Toxin-antitoxin complex, DNA binding protein, TOXIN, Antitoxin; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.50 Å
零角强度 I(0) i0	103080000.00
分子量 molecular_weight	80755.0 kDa
排除体积 excluded_volume	101620 Å³
包络体积 envelope_volume	125830 Å³
水化壳体积 shell_volume	37444 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.5 Å
壳层 Rg shell_rg	35.45 Å
包络 Rg envelope_rg	27.45 Å
形状 Rg shape_rg	27.48 Å
总 Rg total_rg	28.38 Å
总原子数 total_atoms	5668
残基数 n_residues	712
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.7 Å
Rg (实空间) rg_real	28.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0310e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5230e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	103100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6852
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.228
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.345
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	58000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.863; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.109; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.985

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA-damage-inducible protein J
分子量 formula_weight	10246.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	5862

GSMRTEMLSTRIDHDTKIAFTNVCDEMGLSTSQAIKLFAKAVINHGGIPFELRVPQPNEVTASAIQELVEGKGHKAESVEAMLNELTEGKVKHV

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243277
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Type II toxin-antitoxin system YafQ family toxin
分子量 formula_weight	11531.5 kDa
突变 mutation	H94Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

GSMSLLKAKLSMYKLEYSTQFKKDFKKITKMPISDIIEVGNVISKLQRGEKLEPKNVDHPLTGNWVGFRDCHIKPDLVLIYRVFNDQLQLARIGSQSDLF

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243277
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	180

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	163.924 Å
晶胞边长 b length_b	163.924 Å
晶胞边长 c length_c	114.035 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 62 2 2
空间群编号 int_tables_number	180
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	36.410 Å
R 因子 r_factor	0.2020
R_work r_work	0.2005
R_free r_free	0.2312

fit	/app/data/saxs_computation/le/9lew/9lew.fit
pddf	/app/data/pr_computation/le/9lew/9lew.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/le/9lew/9lew.dat

The crystal structure of DinJ-YafQ complex from Vibrio cholerae

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)