9lfv

Crystal structure of mouse RIP3 kinase domain complexed with LK01004

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 117.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lfv
沉积日期 deposition_date	2025-01-09
结构标题 title	Crystal structure of mouse RIP3 kinase domain complexed with LK01004
关键词 keywords	Mouse RIP3 kinase domain, inhibitor, complex, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.22 Å
零角强度 I(0) i0	327668000.00
分子量 molecular_weight	98753.0 kDa
排除体积 excluded_volume	96125 Å³
包络体积 envelope_volume	180520 Å³
水化壳体积 shell_volume	42895 Å³
包络直径 envelope_diameter	120.6 Å
壳层 Rg shell_rg	40.99 Å
包络 Rg envelope_rg	35.66 Å
形状 Rg shape_rg	36.22 Å
总 Rg total_rg	36.46 Å
总原子数 total_atoms	7504
残基数 n_residues	1020
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	117.8 Å
Rg (实空间) rg_real	36.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.90 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2770e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.4150e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	327700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8946
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	41.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.238
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.646
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	26660000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.942; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.949; Smooth: 0.850

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 3
分子量 formula_weight	36213.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	7545

MSSVKLWPTGASAVPLVSREELKKLEFVGKGGFGVVFRAHHRTWNHDVAVKIVNSKKISWEVKAMVNLRNENVLLLLGVTEDLQWDFVSGQALVTRFMENGSLAGLLQPEAPRPWPLLCRLLQEVVLGMCYLHSLDPPLLHRDLKPSNILLDPELHAKLADFGLSTFQGGSQSGSGSGSGSRDSGGTLAYLDPELLFKVNLKASKASDVYSFGILVWAVLAGREAELVDKTSLIRETVCDRQSRPPLTELPPGSPETPGLEKLKELMIHCWGSQSENRPSFQDCEPKTNEVYNLVKDKVDAAVSEVKHYLSQHLEHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 non-polymer

描述 description	3-[2-[(2~{S})-butan-2-yl]-1,3-benzothiazol-5-yl]-1-~{tert}-butyl-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine
分子量 formula_weight	380.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	3-[2-[(2~{R})-butan-2-yl]-1,3-benzothiazol-5-yl]-1-~{tert}-butyl-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine
分子量 formula_weight	380.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	14

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	56.662 Å
晶胞边长 b length_b	94.662 Å
晶胞边长 c length_c	122.210 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.98 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.780 Å
最低分辨率 resolution_low	61.100 Å
R 因子 r_factor	0.2487
R_work r_work	0.2470
R_free r_free	0.2800

fit	/app/data/saxs_computation/lf/9lfv/9lfv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lf/9lfv/9lfv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lf/9lfv/9lfv.dat

Crystal structure of mouse RIP3 kinase domain complexed with LK01004

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction