9lfx

Streptococcus mutans FtsZ

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 184.9 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lfx
沉积日期 deposition_date	2025-01-09
最后修订 last_revision	2026-01-14
结构标题 title	Streptococcus mutans FtsZ
关键词 keywords	Cell division, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	50.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.50 Å
零角强度 I(0) i0	251573000.00
分子量 molecular_weight	127090.0 kDa
排除体积 excluded_volume	157900 Å³
包络体积 envelope_volume	224130 Å³
水化壳体积 shell_volume	40434 Å³
包络直径 envelope_diameter	183.8 Å
壳层 Rg shell_rg	46.92 Å
包络 Rg envelope_rg	50.85 Å
形状 Rg shape_rg	51.49 Å
总 Rg total_rg	51.35 Å
总原子数 total_atoms	8891
残基数 n_residues	1220
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	184.9 Å
Rg (实空间) rg_real	51.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	3.23 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5160e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.6140e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	251200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6703
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	29.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.518
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.634
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9212000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.311; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.121; Smooth: 0.657

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Cell division protein FtsZ
分子量 formula_weight	31805.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,D,A
原子数 atom_count	9178

DAASVQGAVIKVIGVGGGGGNAINRMIDEGVAGVEFIAANTDIQALSSSKAETVIQLGPKLTRGLGAGGQPEIGRKAAEESEEALTEALTGADMVFITAGMGGGSGTGAAPVIARIAKGLGSLTVAVVTRPFGFEGSKRGNYAIEGINELRDEVDTLLIISNNNLLEIVDKKTPLLEALSEADNVLRQGVQGITDLITSPGLINLDFADVKTVMASKGNALMGIGIGTGEERVVEAARKAIYSPLLETTIDGAEDVIVNVTGGLDMTLTEAEEASEIVNQAAGHGVNIWLGTSIDDSMKDEIRVTVVATGV

来源 Source

来源生物 organism	Streptococcus mutans serotype c (strain ATCC 700610 / UA159)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	210007
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	287

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	173.119 Å
晶胞边长 b length_b	173.119 Å
晶胞边长 c length_c	172.282 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.490 Å
最低分辨率 resolution_low	34.560 Å
R 因子 r_factor	0.2250
R_work r_work	0.2218
R_free r_free	0.2708

fit	/app/data/saxs_computation/lf/9lfx/9lfx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lf/9lfx/9lfx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lf/9lfx/9lfx.dat

Streptococcus mutans FtsZ

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction