9lgg

Crystal structure of the human MuSK(Ig3_Fz)/L1 peptide complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 130.9 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lgg
沉积日期 deposition_date	2025-01-10
结构标题 title	Crystal structure of the human MuSK(Ig3_Fz)/L1 peptide complex
关键词 keywords	muscle-specific receptor tyrosine kinase, MuSK, neuromuscular junction, RaPID peptide, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.32 Å
零角强度 I(0) i0	197857000.00
分子量 molecular_weight	114640.0 kDa
排除体积 excluded_volume	143980 Å³
包络体积 envelope_volume	223870 Å³
水化壳体积 shell_volume	47437 Å³
包络直径 envelope_diameter	125.2 Å
壳层 Rg shell_rg	44.37 Å
包络 Rg envelope_rg	39.91 Å
形状 Rg shape_rg	40.33 Å
总 Rg total_rg	40.55 Å
总原子数 total_atoms	8049
残基数 n_residues	1012
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	130.9 Å
Rg (实空间) rg_real	40.68 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9790e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2790e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	197800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9002
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	43.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.266
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.716
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.927; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.957

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Muscle, skeletal receptor tyrosine-protein kinase,Ig3-Fz domains of hMuSK:L1 peptide
分子量 formula_weight	31187.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.10.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	8049

GKDGSVFARILRAPESHNVTFGSFVTLHCTATGIPVPTITWIENGNAVSSGSIQESVKDRVIDSRLQLFITKPGLYTCIATNKHGEKFSTAKAAATISIAEWSKPQKDNKGYCAQYRGEVCNAVLAKDALVFLNTSYADPEEAQELLVHTAWNELKVVSPVCRPAAEALLCNHIFQECSPGVVPTPIPICREYCLAVKELFCAKEWLVMEEKTHRGLYRSEMHLLSVPECSKLPSMHWDPTACARLPHLESRYLPEFSWPESFVLFLRQRQRQLGRGAE

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	103.644 Å
晶胞边长 b length_b	103.644 Å
晶胞边长 c length_c	305.216 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 64
空间群编号 int_tables_number	172
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	2.690 Å
最低分辨率 resolution_low	38.680 Å
R 因子 r_factor	0.2059
R_work r_work	0.2039
R_free r_free	0.2425

fit	/app/data/saxs_computation/lg/9lgg/9lgg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lg/9lgg/9lgg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lg/9lgg/9lgg.dat

Crystal structure of the human MuSK(Ig3_Fz)/L1 peptide complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction