SAXSdb — 9lgo

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lgo
沉积日期 deposition_date	2025-01-10
结构标题 title	Cryo-EM structure of the SPATA5-SPATA5L1-CINP-C1orf109 complex
关键词 keywords	ribosomal biogenesis, SPATA5, ATPase complex, CYTOSOLIC PROTEIN; CYTOSOLIC PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	59.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	59.46 Å
零角强度 I(0) i0	4105320000.00
分子量 molecular_weight	547040.0 kDa
排除体积 excluded_volume	689210 Å³
包络体积 envelope_volume	1145000 Å³
水化壳体积 shell_volume	155650 Å³
包络直径 envelope_diameter	188.5 Å
壳层 Rg shell_rg	66.85 Å
包络 Rg envelope_rg	56.74 Å
形状 Rg shape_rg	59.47 Å
总 Rg total_rg	59.62 Å
总原子数 total_atoms	38406
残基数 n_residues	4935
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	191.5 Å
Rg (实空间) rg_real	59.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1050e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.8840e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	60.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4110000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8704
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	81.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.068
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.467
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	468200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.854; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.933; Smooth: 0.816

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	ATPase family gene 2 protein homolog A
分子量 formula_weight	97276.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.10
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,D,B
原子数 atom_count	38406

MSSKKNRKRLNQSAENGSSLPSAASSCAEARAPSAGSDFAATSGTLTVTNLLEKVDDKIPKTFQNSLIHLGLNTMKSANICIGRPVLLTSLNGKQEVYTAWPMAGFPGGKVGLSEMAQKNVGVRPGDAIQVQPLVGAVLQAEEMDVALSDKDMEINEEELTGCILRKLDGKIVLPGNFLYCTFYGRPYKLQVLRVKGADGMILGGPQSDSDTDAQRMAFEQSSMETSSLELSLQLSQLDLEDTQIPTSRSTPYKPIDDRITNKASDVLLDVTQSPGDGSGLMLEEVTGLKCNFESAREGNEQLTEEERLLKFSIGAKCNTDTFYFISSTTRVNFTEIDKNSKEQDNQFKVTYDMIGGLSSQLKAIREIIELPLKQPELFKSYGIPAPRGVLLYGPPGTGKTMIARAVANEVGAYVSVINGPEIISKFYGETEAKLRQIFAEATLRHPSIIFIDQLDALCPKREGAQNEVEKRVVASLLTLMDGIGSEVSEGQVLVLGATNRPHALDAALRRPGRFDKEIEIGVPNAQDRLDILQKLLRRVPHLLTEAELLQLANSAHGYVGADLKVLCNEAGLCALRRILKKQPNLPDVKVAGLVKITLKDFLQAMNDIRPSAMREIAIDVPNVSWSDIGGLESIKLKLEQAVEWPLKHPESFIRMGIQPPKGVLLYGPPGCSKTMIAKALANESGLNFLAIKGPELMNKYVGESERAVRETFRKARAVAPSIIFFDQLDALAVERGSSLGAGNVADRVLAQLLTEMDGIEQLKDVTILAATNRPDRIDKALMRPGRIDRIIYVPLPDAATRREIFKLQFHSMPVSNEVDLDELILQTDAYSGAEIVAVCREAALLALEEDIQANLIMKRHFTQALSTVTPRIPESLRRFYEDYQE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Cyclin-dependent kinase 2-interacting protein
分子量 formula_weight	27421.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,I

MWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEKGMEAKTLGTVTPRKPVLSVSARKIKDNAADWHNLILKWETLNDAGFTTANNIANLKISLLNKDKIELDSSSPASKENEEKVCLEYNEELEKLCEELQATLDGLTKIQVKMEKLSSTTKGICELENYHYGEESKRPPLFHTWPTTHFYEVSHKLLEMYRKELLLKRTVAKELAHTGDPDLTLSYLSMWLHQPYVESDSRLHLESMLLETGHRAL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	cDNA FLJ55172
分子量 formula_weight	31592.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,G

MYPYDVPDYAMSEKRRRLDARNPLKQETALSRLPFPRGNQGLLQKAEAGRARWLTPVIPALWKTEAGGSPEKMTQDRPLLAVQEALKKCFPVVEEQQGLWQSALRDCQPLLSSLSNLAEQLQAAQNLRFEDVPALRAFPDLKERLRRKQLVAGDIVLDKLGERLAILLKVRDMVSSHVERVFQIYEQHADTVGIDAVLQPSAVSPSVADMLEWLQDIERHYRKSYLKRKYLLSSIQWGDLANIQALPKAWDRISKDEHQDLVQDILLNVSFFLEE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	ATPase family gene 2 protein homolog B
分子量 formula_weight	80409.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.10
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,C

MAPDSDPFPEGPLLKLLPLDARDRGTQRCRLGPAALHALGARLGSAVKISLPDGGSCLCTAWPRRDGADGFVQLDPLCASPGAAVGASRSRRSLSLNRLLLVPCPPLRRVAVWPVLRERAGAPGARNTAAVLEAAQELLRNRPISLGHVVVAPPGAPGLVAALHIVGGTPSPDPAGLVTPRTRVSLGGEPPSEAQPQPEVPLGGLSEAADSLRELLRLPLRYPRALTALGLAVPRGVLLAGPPGVGKTQLVRAVAREAGAELLAVSAPALQGSRPGETEENVRRVFQRARELASRGPSLLFLDEMDALCPQRGSRAPESRVVAQVLTLLDGASGDREVVVVGATNRPDALDPALRRPGRFDREVVIGTPTLKQRKEILQVITSKMPISSHVDLGLLAEMTVGYVGADLTALCREAAMHALLHSEKNQDNPVIDEIDFLEAFKNIQPSSFRSVIGLMDIKPVDWEEIGGLEDVKLKLKQSIEWPLKFPWEFVRMGLTQPKGVLLYGPPGCAKTTLVRALATSCHCSFVSVSGADLFSPFVGDSEKVLSQIFRQARASTPAILFLDEIDSILGARSASKTGCDVQERVLSVLLNELDGVGLKTIERRGSKSSQQEFQEVFNRSVMIIAATNRPDVLDTALLRPGRLDKIIYIPPPDHKGRLSILKVCTKTMPIGPDVSLENLAAETCFFSGADLRNLCTEAALLALQENGLDATTVKQEHFLKSLKTVKPSLSCKDLALYENLFKKEGFSN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.510 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.51 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	194789

fit	/app/data/saxs_computation/lg/9lgo/9lgo.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lg/9lgo/9lgo.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lg/9lgo/9lgo.dat

Cryo-EM structure of the SPATA5-SPATA5L1-CINP-C1orf109 complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)