9ljj

cryo-EM structure of a nanobody bound heliorhodopsin

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 108.3 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ljj
沉积日期 deposition_date	2025-01-15
最后修订 last_revision	2025-02-12
结构标题 title	cryo-EM structure of a nanobody bound heliorhodopsin
关键词 keywords	bacterial rhodopsin, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.35 Å
零角强度 I(0) i0	88015000.00
分子量 molecular_weight	81251.0 kDa
排除体积 excluded_volume	104690 Å³
包络体积 envelope_volume	133580 Å³
水化壳体积 shell_volume	36754 Å³
包络直径 envelope_diameter	115.7 Å
壳层 Rg shell_rg	37.20 Å
包络 Rg envelope_rg	31.34 Å
形状 Rg shape_rg	31.33 Å
总 Rg total_rg	31.97 Å
总原子数 total_atoms	5736
残基数 n_residues	728
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	108.3 Å
Rg (实空间) rg_real	32.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.8020e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3380e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	88010000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7216
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	0
主峰位置 r_peak_primary	— Å
偏度 Skewness skewness	0.265
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.515
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17310000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.242; Positv: 1.000; Valcen: 0.962; Smooth: 0.951

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Heliorhodopsin
分子量 formula_weight	28026.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5736

MAKPTVKEIKSLQNFNRIAGVFHLLQMLAVLALANDFALPMTGTYLNGPPGTTFSAPVVILETPVGLAVALFLGLSALFHFIVSSGNFFKRYSASLMKNQNIFRWVEYSLSSSVMIVLIAQICGIADIVALLAIFGVNASMILFGWLQEKYTQPKDGDLLPFWFGCIAGIVPWIGLLIYVIAPGSTSDVAVPGFVYGIIISLFLFFNSFALVQYLQYKGKGKWSNYLRGERAYIVLSLVAKSALAWQIFSGTLIPA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	nanobody B4
分子量 formula_weight	13289.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N

MVQLVESGGGLVQAGGSLRLSCAASGMAFSISRMEWHRQAPGNERELVARITGGGRTTYGDSVKGRFTISRDNAKSMVYLQMNSLKPEDTAVYYCNTGYFWGQGTQVTVSSAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Vicugna pacos
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	30538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	RETINAL
分子量 formula_weight	284.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	535.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.23 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	239778

fit	/app/data/saxs_computation/lj/9ljj/9ljj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lj/9ljj/9ljj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lj/9ljj/9ljj.dat

cryo-EM structure of a nanobody bound heliorhodopsin

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)