SAXSdb — 9lka

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lka
沉积日期 deposition_date	2025-01-16
最后修订 last_revision	2026-01-21
结构标题 title	Crystal structure of L-threonine aldolase N18S/Q39R/Y319L triple mutant in complex with glycine from Neptunomonas marina
关键词 keywords	Complex, Mutant, Aldolase, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.74 Å
零角强度 I(0) i0	335890000.00
分子量 molecular_weight	143850.0 kDa
排除体积 excluded_volume	178370 Å³
包络体积 envelope_volume	216070 Å³
水化壳体积 shell_volume	52709 Å³
包络直径 envelope_diameter	112.4 Å
壳层 Rg shell_rg	41.23 Å
包络 Rg envelope_rg	32.97 Å
形状 Rg shape_rg	32.73 Å
总 Rg total_rg	33.36 Å
总原子数 total_atoms	10104
残基数 n_residues	1368
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.0 Å
Rg (实空间) rg_real	33.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3590e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.1400e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	335900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8971
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	42.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.222
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.460
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	139600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.937; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.855

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	L-threonine aldolase
分子量 formula_weight	38033.1 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.2.48
突变 mutation	N18S/Q39R/Y319L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	10128

MASNDSCIEDTVSFTSDSIAAAAPEIVQAMAQACQGNARPYGGDALTQNVEAQLKAIFECDLQLFLVPTGSAANAISLAALTPPWGAILCHQESHINNDECGAPEFFTAGAKLIAVAGTHGKLDPQALTQAARNKRGDVHSVEPTTVSITQATEVGSIYALDELNEIGQICRNEGLKLHMDGARFANALSALGCTPAEMTWKAGVDVLSFGATKNGSLCAEAIILFDKSYAQEIAFRRKRGGHLLSKMRFLSAQMHAYLADDLWLTNARHANLMAARLAAGLSALSRVSLIAPTESNIIFCRMPTKMIAALQQQGFQFLHDRWGDGIVRLVTSFATTQAQVDTFIAAAAQLNQNTD

来源 Source

来源生物 organism	Neptunomonas marina
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1815562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	L-threonine aldolase
分子量 formula_weight	38261.2 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.2.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MASNDSCIEDTVSFTSDSIAAAAPEIVQAMAQACQGNARPYGGDALTQNVEAQLKAIFECDLQLFLVPTGSAANAISLAALTPPWGAILCHQESHINNDECGAPEFFTAGAKLIAVAGTHGKLDPQALTQAARNKRGDVHSVEPTTVSITQATEVGSIYALDELNEIGQICRNEGLKLHMDGARFANALSALGCTPAEMTWKAGVDVLSFGATKNGSLCAEAIILFDKSYAQEIAFRRKRGGHLLSKMRFLSAQMHAYLADDLWLTNARHANLMAARLAAGLSALSRVSLIAPTESNIIFCRMPTKMIAALQQQGFQFLHDRWGDGIVRLVTSFATTQAQVDTFIAAAAQLNQNTD

来源 Source

来源生物 organism	Neptunomonas marina
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1815562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	N-GLYCINE-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YL-METHANE]
分子量 formula_weight	306.2 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.2.48
突变 mutation	N18S/Q39R/Y319L
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

来源 Source

来源生物 organism	Neptunomonas marina
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1815562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCINE
分子量 formula_weight	75.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	24

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	270.653 Å
晶胞边长 b length_b	57.847 Å
晶胞边长 c length_c	92.238 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.52 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.980 Å
最低分辨率 resolution_low	45.990 Å
R 因子 r_factor	0.2113
R_work r_work	0.2087
R_free r_free	0.2618

fit	/app/data/saxs_computation/lk/9lka/9lka.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lk/9lka/9lka.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lk/9lka/9lka.dat

Crystal structure of L-threonine aldolase N18S/Q39R/Y319L triple mutant in complex with glycine from Neptunomonas marina

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)