9ll4

Crystal structure of the Helicobacter pylori copper resistance determinant CrdA in complex with silver ions in space group P21

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 76.1 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ll4
沉积日期 deposition_date	2025-01-17
结构标题 title	Crystal structure of the Helicobacter pylori copper resistance determinant CrdA in complex with silver ions in space group P21
关键词 keywords	CrdA, copper ion, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.06 Å
零角强度 I(0) i0	10226700.00
分子量 molecular_weight	23151.0 kDa
排除体积 excluded_volume	28633 Å³
包络体积 envelope_volume	34963 Å³
水化壳体积 shell_volume	15256 Å³
包络直径 envelope_diameter	74.6 Å
壳层 Rg shell_rg	26.08 Å
包络 Rg envelope_rg	21.67 Å
形状 Rg shape_rg	21.25 Å
总 Rg total_rg	21.25 Å
总原子数 total_atoms	1591
残基数 n_residues	212
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	76.1 Å
Rg (实空间) rg_real	21.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.79 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0230e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5970e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10230000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7447
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.687
峰度 Kurtosis kurtosis	0.024
角度范围 angular_range	— – 0.3750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2234000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.499; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.534; Smooth: 0.646

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Copper resistance protein
分子量 formula_weight	12274.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1637

SAKDPWEQTLKANDLEVKIKSVGNPIKGDNTFVLSPTLKGKALEKAIVRVQFMMPEMPGMPAMKEMAQVSEKNGLYEAKTNLSMNGTWQVRVDIKSKEGEVYRAKTSLDL

来源 Source

来源生物 organism	Helicobacter pylori
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	210
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	SILVER ION
分子量 formula_weight	107.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	46

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	51.229 Å
晶胞边长 b length_b	39.026 Å
晶胞边长 c length_c	65.099 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.11 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.970 Å
最低分辨率 resolution_low	29.840 Å
R 因子 r_factor	0.2028
R_work r_work	0.2005
R_free r_free	0.2493

fit	/app/data/saxs_computation/ll/9ll4/9ll4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ll/9ll4/9ll4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ll/9ll4/9ll4.dat

Crystal structure of the Helicobacter pylori copper resistance determinant CrdA in complex with silver ions in space group P21

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction