9llq

Structure of TetR2 and DNA probe

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 89.8 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9llq
沉积日期 deposition_date	2025-01-17
最后修订 last_revision	2025-08-27
结构标题 title	Structure of TetR2 and DNA probe
关键词 keywords	Transcriptional regulator, TetR, DNA binding protein; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.98 Å
零角强度 I(0) i0	66468500.00
分子量 molecular_weight	55997.0 kDa
排除体积 excluded_volume	66611 Å³
包络体积 envelope_volume	85410 Å³
水化壳体积 shell_volume	27688 Å³
包络直径 envelope_diameter	93.5 Å
壳层 Rg shell_rg	32.87 Å
包络 Rg envelope_rg	27.25 Å
形状 Rg shape_rg	26.87 Å
总 Rg total_rg	27.82 Å
总原子数 total_atoms	3887
残基数 n_residues	401
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.8 Å
Rg (实空间) rg_real	28.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.6470e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.4950e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	66470000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9027
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.255
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.645
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8915000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.963; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.951; Smooth: 0.889

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	TetR family transcriptional regulator
分子量 formula_weight	22281.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3903

MGMTNKASQPRTFTLSDEKRNHILTTALNLFDQFGFQHISIMRIITEAKIAKQSFYMAFPSKDSFIIECLDMEINRLKQSLSNLLGQCGKDDHTSILKSFYQWHVDLAYREGYNGTLLTKAVIEYWNLPDIKMKVEDFNKWKYEIFAEYLAEEINNARLRIIVSAMNGILLPASTYLPTWEDIESLYGEQF

来源 Source

来源生物 organism	Acinetobacter baumannii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	470
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPAPAPAPAPGPAPCPTPAPAPTPCPTPGPTPCPTPAPTPCPTPAPT)-3') ;
分子量 formula_weight	7335.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

AAAAAGACTAATCTGTCTATCTAT

来源 Source

来源生物 organism	Acinetobacter baumannii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	470
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPTPAPGPAPTPAPGPAPCPAPGPAPTPTPAPGPTPCPTPTPTPTPT)-3') ;
分子量 formula_weight	7397.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

ATAGATAGACAGATTAGTCTTTTT

来源 Source

来源生物 organism	Acinetobacter baumannii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	470
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	109.023 Å
晶胞边长 b length_b	116.521 Å
晶胞边长 c length_c	113.120 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	49.110 Å
R 因子 r_factor	0.2278
R_work r_work	0.2231
R_free r_free	0.2693

fit	/app/data/saxs_computation/ll/9llq/9llq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ll/9llq/9llq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ll/9llq/9llq.dat

Structure of TetR2 and DNA probe

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)