SAXSdb — 9lly

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lly
沉积日期 deposition_date	2025-01-17
结构标题 title	Cryo-EM structure of RSV pre-F (sc9-10 DS-Cav1, strain A2) in complex with Fabs 1A2 and 1B6
关键词 keywords	RSV, Fusion protein, Antibody, Complex, VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.99 Å
零角强度 I(0) i0	1322780000.00
分子量 molecular_weight	301910.0 kDa
排除体积 excluded_volume	377940 Å³
包络体积 envelope_volume	512620 Å³
水化壳体积 shell_volume	91501 Å³
包络直径 envelope_diameter	152.9 Å
壳层 Rg shell_rg	51.33 Å
包络 Rg envelope_rg	45.50 Å
形状 Rg shape_rg	46.01 Å
总 Rg total_rg	46.14 Å
总原子数 total_atoms	21219
残基数 n_residues	2733
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	148.6 Å
Rg (实空间) rg_real	46.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.84 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3230e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7990e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1323000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8816
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	61.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.168
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.409
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	133000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.892; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.967; Smooth: 0.814

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	RSV pre-F protein
分子量 formula_weight	58381.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	21219

MELLILKANAITTILTAVTFCFASGQNITEEFYQSTCSAVSKGYLGALRTGWYTSVITIELSNIKEIKCNGTDAKVKLIKQELDKYKNAVTDLQLLMQSTPATGSGSAICSGVAVCKVLHLEGEVNKIKSALLSTNKAVVSLSNGVSVLTFKVLDLKNYIDKQLLPILNKQSCSIPNIETVIEFQQKNNRLLEITREFSVNAGVTTPVSTYMLTNSELLSLINDMPITNDQKKLMSNNVQIVRQQSYSIMCIIKEEVLAYVVQLPLYGVIDTPCWKLHTSPLCTTNTKEGSNICLTRTDRGWYCDNAGSVSFFPQAETCKVQSNRVFCDTMNSLTLPSEVNLCNVDIFNPKYDCKIMTSKTDVSSSVITSLGAIVSCYGKTKCTASNKNRGIIKTFSNGCDYVSNKGVDTVSVGNTLYCVNKQEGQSLYVKGEPIINFYDPLVFPSDEFDASISQVNEKINQSLAFIRKSDELLSAIGGYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFLGGLVPRGSHHHHHHSAWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Respiratory syncytial virus A2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1972429
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	1B6 heavy chain
分子量 formula_weight	13707.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

QVQLQESGPGLERPSETVSLTCTVSGASINSGSYFWGWIRQPPGKGLEWVGSIHYSTTVYYNPSLKSRLTLSMDTSKNQFSLKVHAVTAADTAVYYCASHDWFGEPSPTYFDYWGRGTLLTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	1A2 heavy chain
分子量 formula_weight	14157.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,G,J

QEQLVESGGGLVKPGGSLRLSCAGSGFTFSDYDISWIRQAPGRGLEWVAYIDSSGTTIYYADSVRGRFTISRDTARYSVSLQLSSLRAEDTAVYYCTTKFYDYSSGTIPYYYYGLDVWGQGTRVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	1B6 light chain
分子量 formula_weight	11939.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,K,M

DIQMTQSPSTLSATVGDTVTITCRASQSISRYLAWYQQKPGKAPKLLIFRASTLESDVPSRFSGSGSGTEFTLTITNLQPDDFATYYCQQFNTYSPITFGQGTKLEIR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	1A2 light chain
分子量 formula_weight	12389.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,N,O

DIVMTQSPLSLSVTPGQPASISCKSSESLLHTDGKTYLFWYLHKPGQSPQLLIYEVSSRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDVGVYYCMQGTHRPPFTFGPGTKVDIR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

▶

7. 引用文献 (1)

▶

分辨率 resolution	3.18 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	181211

fit	/app/data/saxs_computation/ll/9lly/9lly.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ll/9lly/9lly.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ll/9lly/9lly.dat

Cryo-EM structure of RSV pre-F (sc9-10 DS-Cav1, strain A2) in complex with Fabs 1A2 and 1B6

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)