9lme

Checkpoint regulator protein in complex with a nanobody

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 110.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lme
沉积日期 deposition_date	2025-01-18
结构标题 title	Checkpoint regulator protein in complex with a nanobody
关键词 keywords	Nanobody, Complex, checkpoint regulator, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.13 Å
零角强度 I(0) i0	104491000.00
分子量 molecular_weight	79263.0 kDa
排除体积 excluded_volume	98551 Å³
包络体积 envelope_volume	144070 Å³
水化壳体积 shell_volume	36122 Å³
包络直径 envelope_diameter	118.4 Å
壳层 Rg shell_rg	40.04 Å
包络 Rg envelope_rg	32.77 Å
形状 Rg shape_rg	34.10 Å
总 Rg total_rg	34.73 Å
总原子数 total_atoms	5525
残基数 n_residues	672
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	110.9 Å
Rg (实空间) rg_real	34.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.95 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0450e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6620e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	104500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8469
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	51.7 Å
偏度 Skewness skewness	-0.081
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.586
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9297000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.677; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.973

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (13)

Entity 1 polymer

描述 description	CD276 antigen
分子量 formula_weight	24490.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6205

HHHHHHENLYFQGLEVQVPEDPVVALVGTDATLCCSFSPEPGFSLAQLNLIWQLTDTKQLVHSFAEGQDQGSAYANRTALFPDLLAQGNASLRLQRVRVADEGSFTCFVSIRDFGSAAVSLQVAAPYSKPSMTLEPNKDLRPGDTVTITCSSYQGYPEAEVFWQDGQGVPLTGNVTTSQMANEQGLFDVHSILRVVLGANGTYSCLVRNPVLQQDAHSSVTITPQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	T3CL11
分子量 formula_weight	14778.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

MAQVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGNTFSTAHMSWVRQAPGKGLEWVSGILSNGAGASYADFVKGRFTISRDSAKNTLYLQMDSLKPEDTAVYYCALGFRTLTGLRGQGTQVTVSSGRYPYDVPDYGSGRAGGGSNQL

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	732.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 branched

描述 description	alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	570.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	39

Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 8 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

Entity 9 non-polymer

描述 description	alpha-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	19

Entity 11 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 12 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 13 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	676

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	219.850 Å
晶胞边长 b length_b	219.850 Å
晶胞边长 c length_c	147.890 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	I 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	98
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.404 Å
最低分辨率 resolution_low	49.160 Å
R 因子 r_factor	0.1798
R_work r_work	0.1782
R_free r_free	0.2100

fit	/app/data/saxs_computation/lm/9lme/9lme.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lm/9lme/9lme.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lm/9lme/9lme.dat

Checkpoint regulator protein in complex with a nanobody

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (13)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 branched

Entity 4 branched

Entity 5 branched

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)