9lo3

Transition state analogue(GMPK in complex with GMP, ADP, Mg2+ and AlF4- at 277 K)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 54.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lo3
沉积日期 deposition_date	2025-01-22
最后修订 last_revision	2025-09-10
结构标题 title	Transition state analogue(GMPK in complex with GMP, ADP, Mg2+ and AlF4- at 277 K)
关键词 keywords	guanylate kinase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.11 Å
零角强度 I(0) i0	10440200.00
分子量 molecular_weight	22659.0 kDa
排除体积 excluded_volume	27832 Å³
包络体积 envelope_volume	31615 Å³
水化壳体积 shell_volume	16278 Å³
包络直径 envelope_diameter	54.5 Å
壳层 Rg shell_rg	22.35 Å
包络 Rg envelope_rg	16.37 Å
形状 Rg shape_rg	16.12 Å
总 Rg total_rg	17.07 Å
总原子数 total_atoms	1586
残基数 n_residues	195
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	54.2 Å
Rg (实空间) rg_real	17.06 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.25 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0440e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1710e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10440000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8916
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.124
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.437
角度范围 angular_range	— – 0.4650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3095000.0000
实空间数据点数 n_real_points	77
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.871; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.980

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Guanylate kinase
分子量 formula_weight	21891.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.4.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1865

HMSGPRPVVLSGPSGAGKSTLLKRLLQEHSGIFGFSVSHTTRNPRPGEENGKDYYFVTREVMQRDIAAGDFIEHAEFSGNLYGTSKVAVQAVQAMNRICVLDVDLQGVRNIKATDLRPIYISVQPPSLHVLEQRLRQRNTETEESLVKRLAAAQADMESSKEPGLFDVVIINDSLDQAYAELKEALSEEIKKAQRTGA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	363.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	TETRAFLUOROALUMINATE ION
分子量 formula_weight	103.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	259

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	96.292 Å
晶胞边长 b length_b	96.292 Å
晶胞边长 c length_c	44.901 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 65
空间群编号 int_tables_number	170
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	30.550 Å
R 因子 r_factor	0.1652
R_work r_work	0.1633
R_free r_free	0.2011

fit	/app/data/saxs_computation/lo/9lo3/9lo3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lo/9lo3/9lo3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lo/9lo3/9lo3.dat