9lot

Crystal structure of Escherichia coli trptophanyl-tRNA synthetase in complex with N-piperidine ibrutinib

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 115.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lot
沉积日期 deposition_date	2025-01-23
最后修订 last_revision	2025-05-07
结构标题 title	Crystal structure of Escherichia coli trptophanyl-tRNA synthetase in complex with N-piperidine ibrutinib
关键词 keywords	trptophanyl-tRNA synthetase, N-piperidine ibrutinib, complex, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.90 Å
零角强度 I(0) i0	157540000.00
分子量 molecular_weight	66787.0 kDa
排除体积 excluded_volume	64445 Å³
包络体积 envelope_volume	109760 Å³
水化壳体积 shell_volume	32260 Å³
包络直径 envelope_diameter	118.9 Å
壳层 Rg shell_rg	34.95 Å
包络 Rg envelope_rg	31.58 Å
形状 Rg shape_rg	30.86 Å
总 Rg total_rg	31.22 Å
总原子数 total_atoms	5050
残基数 n_residues	654
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	115.0 Å
Rg (实空间) rg_real	31.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5750e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6190e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	157500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7536
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.736
峰度 Kurtosis kurtosis	0.121
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	33000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.493; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.416; Smooth: 0.899

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Tryptophan--tRNA ligase
分子量 formula_weight	38373.7 kDa
EC 编号 ec_number	6.1.1.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5520

MTKPIVFSGAQPSGELTIGNYMGALRQWVNMQDDYHCIYCIVDQHAITVRQDAQKLRKATLDTLALYLACGIDPEKSTIFVQSHVPEHAQLGWALNCYTYFGELSRMTQFKDKSARYAENINAGLFDYPVLMAADILLYQTNLVPVGEDQKQHLELSRDIAQRFNALYGEIFKVPEPFIPKSGARVMSLLEPTKKMSKSDDNRNNVIGLLEDPKSVVKKIKRAVTDSDEPPVVRYDVQNKAGVSNLLDILSAVTGQSIPELEKQFEGKMYGHLKGEVADAVSGMLTELQERYHRFRNDEAFLQQVMKDGAEKASAHASRTLKAVYEAIGFVAKRHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	3-(4-phenoxyphenyl)-1-piperidin-4-yl-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine
分子量 formula_weight	386.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORZOXAZONE
分子量 formula_weight	169.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	TRYPTOPHANYL-5'AMP
分子量 formula_weight	533.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	470

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	61.768 Å
晶胞边长 b length_b	79.649 Å
晶胞边长 c length_c	78.361 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.78 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.590 Å
最低分辨率 resolution_low	54.490 Å
R 因子 r_factor	0.1898
R_work r_work	0.1891
R_free r_free	0.2049

fit	/app/data/saxs_computation/lo/9lot/9lot.fit
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