9low

Crystal structure of RamR3.0 complexed with 3-alkenynaphthoate

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 117.1 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9low
沉积日期 deposition_date	2025-01-23
最后修订 last_revision	2025-10-22
结构标题 title	Crystal structure of RamR3.0 complexed with 3-alkenynaphthoate
关键词 keywords	photobiocatalysis, artificial photoenzyme, enantioselective synthesis, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.82 Å
零角强度 I(0) i0	223283000.00
分子量 molecular_weight	79451.0 kDa
排除体积 excluded_volume	76610 Å³
包络体积 envelope_volume	134970 Å³
水化壳体积 shell_volume	36565 Å³
包络直径 envelope_diameter	124.0 Å
壳层 Rg shell_rg	37.14 Å
包络 Rg envelope_rg	31.97 Å
形状 Rg shape_rg	31.82 Å
总 Rg total_rg	32.14 Å
总原子数 total_atoms	6003
残基数 n_residues	728
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	117.1 Å
Rg (实空间) rg_real	32.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.01 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2330e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9200e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	223300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6709
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.484
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.139
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	26090000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.715; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.242; Positv: 1.000; Valcen: 0.874; Smooth: 0.971

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Putative regulatory protein
分子量 formula_weight	23280.5 kDa
突变 mutation	K63R,C67W,C134A,F155DFF
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	6062

VARPKSEDKKQALLEAATQAIAQSGIAASTAVIARNAGVAEGTLFRYFATKDELINTLYLHLRQDLWQSMIMELDRSITDAKMMTRFIWNSYISWGLNHPARHRAIRQLAVSEKLTKETEQRADDMFPELRDLAHRSVLMVFMSDEYRAFGDGLXLALAETTMDFAARDPARAGEYIALGFEAMWRALTREEQAAWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 14028S
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	588858
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	(phenylmethyl) 1-but-3-enoxynaphthalene-2-carboxylate
分子量 formula_weight	332.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	52

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	45.402 Å
晶胞边长 b length_b	54.793 Å
晶胞边长 c length_c	84.885 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	98.14 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.86 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	96.91 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	28.419 Å
R 因子 r_factor	0.2519
R_work r_work	0.2500
R_free r_free	0.2873

fit	/app/data/saxs_computation/lo/9low/9low.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lo/9low/9low.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lo/9low/9low.dat

Crystal structure of RamR3.0 complexed with 3-alkenynaphthoate

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction