9lph

Neutron structure of GH1 beta-glucosidase Td2F2 ligand-free form at room temperature

D_max: 70.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lph
沉积日期 deposition_date	2025-01-24
结构标题 title	Neutron structure of GH1 beta-glucosidase Td2F2 ligand-free form at room temperature
关键词 keywords	TIM BARREL, beta-glucosidase, Neutron, room-temperature, HYDROLASE; HYDROLASE

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.89 Å
零角强度 I(0) i0	64980100.00
分子量 molecular_weight	54626.0 kDa
排除体积 excluded_volume	64405 Å³
包络体积 envelope_volume	76258 Å³
水化壳体积 shell_volume	28583 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.4 Å
壳层 Rg shell_rg	29.32 Å
包络 Rg envelope_rg	21.36 Å
形状 Rg shape_rg	20.84 Å
总 Rg total_rg	21.80 Å
总原子数 total_atoms	7070
残基数 n_residues	440
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	70.9 Å
Rg (实空间) rg_real	22.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.4980e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.4560e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	64980000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8898
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.055
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.508
角度范围 angular_range	— – 0.3550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12130000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.863; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 1.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	BETA-GLUCOSIDASE
分子量 formula_weight	50846.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.21
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7723

MAGERFPADFVWGAATAAYQIEGAVREDGRGVSIWDTFSHTPGKIADGTTGDVACDSYHRYGEDIGLLNALGMNAYRFSIAWPRIVPLGAGPINQAGLDHYSRMVDALLGAGLQPFVTLYHWDLPQPLEDRLGWGSRATATVFAEYADIVVRQLGDRVTHWATLNEPWCSAMLGYYLGVHAPGHTDLKRGLEASHNLLLGHGLAVQAMRAAAPQPLQIGIVLNLTPTYPASDSPEDVAAARRFDGFVNRWFLDPLAGRGYPQDMLDYYGAAAPQANPEDLTQIAAPLDWLGVNYYERMRAVDAPDASLPQAQRLDDPDLPHTADREVYPEGLYDILLRLHNDYPFRPLYITENGCALHDEIAEDGGIHDGQRQAFFEAHLAQLQRALAAGVPLKGYFAWSLLDNFEWAMGLSMRYGICYTNFETLERRIKDSGYWLRDFIAGQRGKLAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	metagenome
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	256318
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID
分子量 formula_weight	207.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	346

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.720 Å
晶胞边长 b length_b	71.030 Å
晶胞边长 c length_c	97.290 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

fit	/app/data/saxs_computation/lp/9lph/9lph.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lp/9lph/9lph.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lp/9lph/9lph.dat