9lqc

Crystal structure of NrN D119A in complex with SAH-AMP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 108.9 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lqc
沉积日期 deposition_date	2025-01-28
结构标题 title	Crystal structure of NrN D119A in complex with SAH-AMP
关键词 keywords	enzyme, phosphodiesterase, CRISPR-Cas system, second messenger, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.62 Å
零角强度 I(0) i0	409774000.00
分子量 molecular_weight	109900.0 kDa
排除体积 excluded_volume	106730 Å³
包络体积 envelope_volume	187060 Å³
水化壳体积 shell_volume	45402 Å³
包络直径 envelope_diameter	118.0 Å
壳层 Rg shell_rg	41.34 Å
包络 Rg envelope_rg	32.97 Å
形状 Rg shape_rg	33.64 Å
总 Rg total_rg	34.02 Å
总原子数 total_atoms	8356
残基数 n_residues	1004
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	108.9 Å
Rg (实空间) rg_real	33.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.84 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0980e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.8570e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	409800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9048
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	42.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.185
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.579
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	47040000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.939; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.942

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	NrN
分子量 formula_weight	29956.1 kDa
突变 mutation	D119A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	8803

SMQKQAKEIKKHLFLLGGHDLEMQTIVQILTDRNVIFKDRYLQWDNALLSQYEEEIQQYGNKEPFIIYGVELKEDITPPTNYIRIDHHNEYATYPSALEQVASILDHPLNRYQTLVAANAKAYIPGMLEIGASHEEINLIRQEDRKAQGVIEDDEKLAQEAITNGTEKIGSLYVVFTTANKFSPICDRLYPYEKLLIYTPNELIYYGKGINSIQKILKRYTPISNIFWGGGINGFIGTVRNRLTTNEILNIVEQIKLLEL

来源 Source

来源生物 organism	Bacteroides fragilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	817
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	;(2~{S})-4-[[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-4-oxidanyl-oxolan-2-yl]methylsulfanyl]-2-azanyl-butanoic acid ;
分子量 formula_weight	713.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	438

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	66.668 Å
晶胞边长 b length_b	121.609 Å
晶胞边长 c length_c	72.579 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.31 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.370 Å
最低分辨率 resolution_low	72.580 Å
R 因子 r_factor	0.2569
R_work r_work	0.2548
R_free r_free	0.2929

fit	/app/data/saxs_computation/lq/9lqc/9lqc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lq/9lqc/9lqc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lq/9lqc/9lqc.dat

Crystal structure of NrN D119A in complex with SAH-AMP

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction