9lql

Structure of STG-hydrolyzing beta-glucosidase 1 (PSTG1) complexed with heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 183.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lql
沉积日期 deposition_date	2025-01-28
最后修订 last_revision	2026-02-04
结构标题 title	Structure of STG-hydrolyzing beta-glucosidase 1 (PSTG1) complexed with heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside
关键词 keywords	GH3 family, sesaminol biosynthesis, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	52.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	52.87 Å
零角强度 I(0) i0	1529860000.00
分子量 molecular_weight	327740.0 kDa
排除体积 excluded_volume	410730 Å³
包络体积 envelope_volume	550280 Å³
水化壳体积 shell_volume	88016 Å³
包络直径 envelope_diameter	195.8 Å
壳层 Rg shell_rg	54.85 Å
包络 Rg envelope_rg	51.67 Å
形状 Rg shape_rg	52.87 Å
总 Rg total_rg	52.95 Å
总原子数 total_atoms	23053
残基数 n_residues	2951
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	183.3 Å
Rg (实空间) rg_real	52.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.70 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5300e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8980e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	52.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1529000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8687
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	55.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.405
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.389
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	113100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.828; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.810

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Beta-glucosidase
分子量 formula_weight	86630.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	23162

MNHKVHHHHHHIEGRHMELGTLEGSEFMSERRDLKALISQMTLEEKASLCTGRDTWHTQPIERLGIPSVMMTDGPHGLRKQKAASDHLGLFDSVPSTCFPSAVGVASSWNRDLIERMGQALGKECQAENVAVLLGPGANIKRSPLCGRNFEYFSEDPYLSSEMAAHHIMGVQSQGVGTSLKHFAANNQEYRRMTSDSVVNERTLREIYLTSFEGAVKKARPWTVMCSYNKVNGEYAAENERLLTGILKQEWGHEGFVVSDWGAVNDRVKSLAAGLELEMPHEGAGTKQIIEAVESGQLAEEKLDLAVERLLTVIFRSVDQHKEGAVYDPEAHHKLAREIAAESMVLLKNEDRILPLKREGTIAVIGELAKVPRYQGSGSSQIKPTRLDDIVFELAASAGEHARVTYTQGYDLKSDDINAVLTEEALQAAKEASVAVLFAGLPKRYESEGFDRKHMRMPDNQIALIEAVAAVQPNLVVVLCNGAPIEMPWLPQAKAVLEAYLGGQALGGAIADLLFGDANPSGKLAETFPVQLSDNPSFLNFPGEGDRVEYREGLFVGYRYYDKKQLRPLFPFGHGLSYTTFAYSNLSVDKKEILDTETLKVCVNVKNTGERAGKEIVQLYVRDVESSVIRPLKELKGFDKVFLAPGEEKTLTFELGKRSFAYYDPSIKDWMVETGAFEILIGRSSQDIVLAETVMVRSTVSRKIVYHRNSTVADLMLTEKGAAFAQKLRGMIPFGETVGEEYAEMLEAFKESVPLRGLISFSAGRFTEEDLSKLLEYLNG

来源 Source

来源生物 organism	Paenibacillus relictisesami
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	796573
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	heptyl 1-thio-beta-D-glucopyranoside
分子量 formula_weight	294.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	109

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	64.600 Å
晶胞边长 b length_b	112.040 Å
晶胞边长 c length_c	156.590 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	71.50 °
晶胞夹角 β angle_beta	82.83 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	79.85 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.350 Å
最低分辨率 resolution_low	45.850 Å
R 因子 r_factor	0.2467
R_work r_work	0.2446
R_free r_free	0.2865

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