9lri

Crystal Structure of Thermus thermophilus KhpB/EloR complexed with RNA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 74.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lri
沉积日期 deposition_date	2025-01-31
结构标题 title	Crystal Structure of Thermus thermophilus KhpB/EloR complexed with RNA
关键词 keywords	RNA-binding protein, KH domain, R3H domain, Thermus thermophilus, RNA BINDING PROTEIN, RNA BINDING PROTEIN-RNA complex; RNA BINDING PROTEIN/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.21 Å
零角强度 I(0) i0	23491500.00
分子量 molecular_weight	35076.0 kDa
排除体积 excluded_volume	43179 Å³
包络体积 envelope_volume	55038 Å³
水化壳体积 shell_volume	21395 Å³
包络直径 envelope_diameter	76.2 Å
壳层 Rg shell_rg	28.21 Å
包络 Rg envelope_rg	22.11 Å
形状 Rg shape_rg	22.21 Å
总 Rg total_rg	22.97 Å
总原子数 total_atoms	2462
残基数 n_residues	312
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.5 Å
Rg (实空间) rg_real	23.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3490e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0980e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	23490000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8997
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.210
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.379
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2796000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.908; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.967

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Probable DNA/RNA-binding protein (Jag-related protein)
分子量 formula_weight	21044.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	2467

MNERKKSIDELLSDLGVLEEAPVEVELKESGTPEAQGDPRAFLEEFLGGLLLLLDPGHRLEVRVEGETLKAEVKGGDLGRFIGKEGRTLRAVEHLARVVLARRFGTGYRLVLDAAGYRSRAEARIRRLAEEAALTVAMTGEPLHLPPMPPGERRIVHMLLKNHPRVTTESQGEGEERHVVVYPRREAQG

来源 Source

来源生物 organism	Thermus thermophilus HB8
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	300852
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PCPCPCPCPCPCP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	3006.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C

CCCCCCCCCC

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	synthetic construct

Entity 3 non-polymer

描述 description	CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	323.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	35.261 Å
晶胞边长 b length_b	46.058 Å
晶胞边长 c length_c	56.885 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	97.34 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.53 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	112.69 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.650 Å
最低分辨率 resolution_low	32.382 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2036
R_free r_free	0.2653

fit	/app/data/saxs_computation/lr/9lri/9lri.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lr/9lri/9lri.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lr/9lri/9lri.dat

Crystal Structure of Thermus thermophilus KhpB/EloR complexed with RNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)