9lrj

Glucosyl transferase NbUGT72AY1 co-crystallized with Scopoletin and UDP2Fglucose in the presence of retinol

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 165.0 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lrj
沉积日期 deposition_date	2025-01-31
结构标题 title	Glucosyl transferase NbUGT72AY1 co-crystallized with Scopoletin and UDP2Fglucose in the presence of retinol
关键词 keywords	Glycosyl transferase, Scopoletin, Beta carotene, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.40 Å
零角强度 I(0) i0	1824280000.00
分子量 molecular_weight	366420.0 kDa
排除体积 excluded_volume	463230 Å³
包络体积 envelope_volume	662490 Å³
水化壳体积 shell_volume	106190 Å³
包络直径 envelope_diameter	170.0 Å
壳层 Rg shell_rg	56.27 Å
包络 Rg envelope_rg	49.93 Å
形状 Rg shape_rg	51.40 Å
总 Rg total_rg	51.58 Å
总原子数 total_atoms	25741
残基数 n_residues	3212
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	165.0 Å
Rg (实空间) rg_real	51.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.23 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8240e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5660e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1825000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6579
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	66.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.208
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.460
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	122900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.902; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.062; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.679

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Glycosyltransferase
分子量 formula_weight	53612.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G
原子数 atom_count	25741

GPLGSSQLHVAIVSSPGMGHLIPVLVLGNRLATHHNIKITILAITTTSSSAETEFLKKTTLTNEEKTIEIIPVPSVDISHLINSSTKIFTQLRLLVREALPKIHSTIASMTHRPDALIVDIFCTQILPIAEEFNISKYTYHPTTAWTLALAIYCQVFDKEIEGEYVELKEPLKIPGCKALRPDDVVDPLLDRSDQQYEEYVKLGKEYTDFDGILINTWEDLEPETINALRYNEKLRLLLKVPVFPIGPLRRKVETTLNDEVIQWLDKQNNESVLFVSFGSGGTLSTKQMTELAWGLELSQQKFVWVVRPPSDGDADSAYLNSAGKDTRDMSEYLPEGFLTRTKDMGLVVPMWANQVEILSHSSVGGFLTHCGWNSTVESLTNGVPMIAWPLHAEQKMNAAMLTEELGVAIRPAVLPTKKLVKREEIQGMVRILMQTKEGKRIKEKAKKLKKSAENALSDGGSSYNSICELVKDIRSREL

来源 Source

来源生物 organism	Nicotiana benthamiana
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4100
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 non-polymer

描述 description	URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-2-DEOXY-2-FLUORO-ALPHA-D-GLUCOSE
分子量 formula_weight	568.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 3 non-polymer

描述 description	7-hydroxy-6-methoxy-2H-1-benzopyran-2-one
分子量 formula_weight	192.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	87.716 Å
晶胞边长 b length_b	171.782 Å
晶胞边长 c length_c	153.378 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.35 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	14

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.110 Å
最低分辨率 resolution_low	48.890 Å
R 因子 r_factor	0.2706
R_work r_work	0.2684
R_free r_free	0.3122

fit	/app/data/saxs_computation/lr/9lrj/9lrj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lr/9lrj/9lrj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lr/9lrj/9lrj.dat

Glucosyl transferase NbUGT72AY1 co-crystallized with Scopoletin and UDP2Fglucose in the presence of retinol

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction