9ls7

The crystal structure of human RyR3 Repeat12 domain complex with RI-2 and AMP-PCP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 103.3 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ls7
沉积日期 deposition_date	2025-02-04
结构标题 title	The crystal structure of human RyR3 Repeat12 domain complex with RI-2 and AMP-PCP
关键词 keywords	Repeat12 domain, dantranlene, AMP-PCP, ryanodine receptor, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.69 Å
零角强度 I(0) i0	233557000.00
分子量 molecular_weight	81898.0 kDa
排除体积 excluded_volume	79480 Å³
包络体积 envelope_volume	154270 Å³
水化壳体积 shell_volume	39798 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.1 Å
壳层 Rg shell_rg	39.25 Å
包络 Rg envelope_rg	31.94 Å
形状 Rg shape_rg	32.69 Å
总 Rg total_rg	33.11 Å
总原子数 total_atoms	6275
残基数 n_residues	807
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.3 Å
Rg (实空间) rg_real	33.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3360e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4910e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	233600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9088
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	45.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.129
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.586
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21360000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.956; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.940

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Ryanodine receptor 3
分子量 formula_weight	24993.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	6340

SNASFIPCPVDTSQVILPPHLEKIRDRLAENIHELWGMNKIELGWTFGKIRDDNKRQHPCLVEFSKLPETEKNYNLQMSTETLKTLLALGCHIAHVNPAAEEDLKKVKLPKNYMMSNGYKPAPLDLSDVKLLPPQEILVDKLAENAHNVWAKDRIKQGWTYGIQQDLKNKRNPRLVPYALLDERTKKSNRDSLREAVRTFVGYGYNIEPSDQELADSA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	505.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	(2~{S})-4-(naphthalen-2-ylamino)-4-oxidanylidene-2-(3-oxidanylpropylamino)butanoic acid
分子量 formula_weight	316.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	65

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	60.356 Å
晶胞边长 b length_b	61.617 Å
晶胞边长 c length_c	277.585 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.490 Å
最低分辨率 resolution_low	16.960 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2340
R_free r_free	0.2710

fit	/app/data/saxs_computation/ls/9ls7/9ls7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ls/9ls7/9ls7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ls/9ls7/9ls7.dat

The crystal structure of human RyR3 Repeat12 domain complex with RI-2 and AMP-PCP

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction