9ltb

Crystal structure of Altererythrobacter sp. S1-5 Tryptophan halogenase putative

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 98.4 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ltb
沉积日期 deposition_date	2025-02-05
最后修订 last_revision	2026-02-11
结构标题 title	Crystal structure of Altererythrobacter sp. S1-5 Tryptophan halogenase putative
关键词 keywords	Halogenase, Extremophiles, Halogen, Tryptophan, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.91 Å
零角强度 I(0) i0	174491000.00
分子量 molecular_weight	105070.0 kDa
排除体积 excluded_volume	131270 Å³
包络体积 envelope_volume	161280 Å³
水化壳体积 shell_volume	42280 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.9 Å
壳层 Rg shell_rg	38.97 Å
包络 Rg envelope_rg	30.69 Å
形状 Rg shape_rg	30.88 Å
总 Rg total_rg	31.66 Å
总原子数 total_atoms	7460
残基数 n_residues	955
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.4 Å
Rg (实空间) rg_real	31.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.59 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7450e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5160e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	174500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9083
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	40.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.185
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.521
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	29200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.961; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.923

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Tryptophan halogenase
分子量 formula_weight	56164.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7948

MHGDFARLVIVGGGTAGWLSAAYLAARCPELDITVVEAPDIPTIGVGEGSWPTLRKTLATIGIGEVEFLTACDASFKQGSRFDGWVDGKPGDSYYHPFTPPVARDLAELLFAWKEERADLPFSYAMNPQAAICDRDLTPRQRAMPDFAGALNYGYHLDAGKLAVLLAHHAVQKLGVTHVRDAVTDVETGEDGHITALRLREGEPLRGDFFIDCTGMAARLIGQELGVEWIDRSDVSFNDRALAAQVPTLPDSPIASQTVATAHEAGWLWDIALPSRRGIGCVYSSRFMDDDAAAEVLAEYVAANVPGADPASLTPRKLQFATGHRAEFWRGNCLAVGLSAGFIEPLEASAIVLIELSLEALADNFPRSREALALHAARFNSLFRYRWGRTVDFLKLHYVLSRRTEPYWLAQRDPATIPQSLADQLVLWRDHPPSEADFPQINEIFSAASQQYVLYGMGYDLPADSGLPAGDGARRKLAEVRERERALASALPTNRAYFDALVGEAAGAQGEIASQ

Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	474

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	50.020 Å
晶胞边长 b length_b	65.500 Å
晶胞边长 c length_c	81.930 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	104.46 °
晶胞夹角 β angle_beta	107.61 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	92.79 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.490 Å
最低分辨率 resolution_low	47.240 Å
R 因子 r_factor	0.2096
R_work r_work	0.2093
R_free r_free	0.2343

fit	/app/data/saxs_computation/lt/9ltb/9ltb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lt/9ltb/9ltb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lt/9ltb/9ltb.dat

Crystal structure of Altererythrobacter sp. S1-5 Tryptophan halogenase putative

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction