9ltv

Cryo-EM structure of the Dinoroseobacter shibae RC-LH1 supercomplex with incomplete LH1 ring(State 2)

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 128.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ltv
沉积日期 deposition_date	2025-02-06
结构标题 title	Cryo-EM structure of the Dinoroseobacter shibae RC-LH1 supercomplex with incomplete LH1 ring(State 2)
关键词 keywords	reaction centre light-harvesting 1, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.13 Å
零角强度 I(0) i0	1149180000.00
分子量 molecular_weight	349110.0 kDa
排除体积 excluded_volume	462600 Å³
包络体积 envelope_volume	624100 Å³
水化壳体积 shell_volume	106670 Å³
包络直径 envelope_diameter	139.8 Å
壳层 Rg shell_rg	54.98 Å
包络 Rg envelope_rg	45.23 Å
形状 Rg shape_rg	46.11 Å
总 Rg total_rg	46.62 Å
总原子数 total_atoms	24857
残基数 n_residues	2616
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	128.9 Å
Rg (实空间) rg_real	46.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.67 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1490e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6950e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1150000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8445
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	60.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.073
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.535
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	120400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.991; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.003

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (13)

Entity 1 polymer

描述 description	Antenna pigment protein beta chain
分子量 formula_weight	5044.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	14

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	0,2,4,6,8,b,d,f,h,j,l,n,p,x
原子数 atom_count	24857

DLSFTGLTDEQAQELHSVYMSGLWLFSAVAVVAHLATFIWRPWF

Entity 2 polymer

描述 description	Antenna pigment protein alpha chain
分子量 formula_weight	5993.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	14

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,3,5,7,9,a,c,e,g,i,k,m,o,w

MSKFYKIWLIFDPRRVFVAQGVFLFLLAAMIHLVLLSTEHFNWFELAAANA

Entity 3 polymer

描述 description	Protein LRC
分子量 formula_weight	7963.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

DMTCTITCWGIGVLLGIMTTVGLMVVGWSFLQGAFMGVLAWLIVGGVLAVAVCGKDNAEQIRAEMAAARERVRGAT

Entity 4 polymer

描述 description	Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
分子量 formula_weight	39580.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

KWFDEWNSKNPTDIYKPAIVVGVAGGAVFAAALLVSMGQPLATDSMQTGPRGTGMSVPEFVSDLDTPDPTIEVFLASTSDPVIPEEGAQTAGEAYENVDPVLADLTVENYDRLLAAMRSWTGIPDLLEDPDHYQSKVAINMIQMNQTINEEWAGHVYANAEVGVTCFTCHRGQAVPSEVWYRIDPVTENTSGWASVQNRATSLSQFTSLPSDALYQYLLNYEQIAVHDLESRVETLPGDPTWQNTERTYSLMNYFSNSLGRNCVFCHNSRAFYDPAQHTPQWATAMLGISMVQELNNEWIVPIGEAHLPPERLGPVYNDVPKLACKTCHKGYQQPLQGLNVVADWPELATTEGPFYD

Entity 5 polymer

描述 description	Reaction center protein H chain
分子量 formula_weight	28621.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EETFFGNFDLASLSLWLFYGFFALLIYYLQTENMREGYPLEDEDGNTAANQGPFPLPKEKTFKLQHGRGELTLPGEDVQRRDNLALRKTAHGNGFPMEPTGDPMLDGVGPASWSKRRDVPELDAHGHPKIVPMSAAEGFGVSAGTDPRGLPVMAGDGEIVGLVSDMWIDEAEQLVRYLELELDPEWGDGKRLVQRQMVRIKSDRVKVRSIYGKHFKNVPKTKSPNQVTLLEEDKIMAYYAGGTLYADESRLEPQL

Entity 6 polymer

描述 description	Reaction center protein L chain
分子量 formula_weight	30533.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

ALLSFERKYRVRGGTLIGGDLFDFWVGPFYVGFFGVTTAFFALLGTILIFWGASQQGTFNPWLINIAPPDLSYGLGMAPLMEGGLWQIITICAIGAFVSWALREVEICRKLGMGYHVPFAFSVAIFAYVTLVVFRPLLMGAWGHGFPYGIWSHLDWVSNTGYAYLHFHYNPAHMLAVTFFFTTTLALALHGALVLSAANPPKGEEVKGPDNEDTFFRDFIGYSIGTLGIHRVGLLLALNAGFWSAVCIIISGPVWTKGWPEWWNWWLEMPIWP

Entity 7 polymer

描述 description	Reaction center protein M chain
分子量 formula_weight	37037.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

PEYQNIFTQVQVQGPAELGVDNENNLTEERTTGTGFSQLIGWIGNAQLGPIYLGWFGIISLVTGTLWFNIVGFNMLSQVGYSIPEFIRQLFWLALEPPSPEYGLRMPPLDDGGWFIIASFFLLVSVISWWLRTYQLAEMHKMGKHVAWAFAAAIWLFLVLGLFRPILMGSWSEAVPYGIFPHLDWTTAFSIRYGNLYYNPFHALSIVFLYGSVLLFAMHGATILAVTRFGGDRELEQIYDRGTASERAGLFWRWTMGFNATMEGIHRWAWWFAVLTPITGGIGILLTGTVVDNWFLWAVEHNFAPDYTQDYGYEAYTTYDGFLGR

Entity 8 non-polymer

描述 description	BACTERIOCHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	911.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	32

Entity 9 non-polymer

描述 description	SPEROIDENONE
分子量 formula_weight	595.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	27

Entity 10 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 11 non-polymer

描述 description	UBIQUINONE-10
分子量 formula_weight	863.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 12 non-polymer

描述 description	BACTERIOPHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	889.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 13 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.750 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/lt/9ltv/9ltv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lt/9ltv/9ltv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lt/9ltv/9ltv.dat

Cryo-EM structure of the Dinoroseobacter shibae RC-LH1 supercomplex with incomplete LH1 ring(State 2)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合体信息 (13)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)