9lty

Crystal Structure of C-terminal stable fragment of the Shaft pilin EbpC from Enterococcus faecalis

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 171.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lty
沉积日期 deposition_date	2025-02-07
结构标题 title	Crystal Structure of C-terminal stable fragment of the Shaft pilin EbpC from Enterococcus faecalis
关键词 keywords	Shaft Pilin, Isopeptide bond, Ebp pili, CAUTI, Pathogenic Bacteria., CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.41 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.50 Å
零角强度 I(0) i0	105294000.00
分子量 molecular_weight	83663.0 kDa
排除体积 excluded_volume	104840 Å³
包络体积 envelope_volume	159300 Å³
水化壳体积 shell_volume	33612 Å³
包络直径 envelope_diameter	180.7 Å
壳层 Rg shell_rg	40.38 Å
包络 Rg envelope_rg	48.65 Å
形状 Rg shape_rg	48.50 Å
总 Rg total_rg	48.07 Å
总原子数 total_atoms	5909
残基数 n_residues	770
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	171.2 Å
Rg (实空间) rg_real	47.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	3.08 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0530e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1720e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	105100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6862
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.733
峰度 Kurtosis kurtosis	0.018
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3755000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.444; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.378; Smooth: 0.207

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Isopeptide-forming domain-containing fimbrial protein
分子量 formula_weight	47903.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6233

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMASNDGSLHVKKVGTAENEGLNGAEFVISKSEGSPGTVKYIQGVKDGLYTWTTDKEQAKRFITGKSYEIGENDFTEAENGTGELTVKNLEVGSYILEEVKAPNNAELIENQTKTPFTIEANNQTPVEKTVKNDTSKVDKTTPSLDGKDVAIGEKIKYQISVNIPLGIADKEGDANKYVKFNLVDKHDAALTFDNVTSGEYAYALYDGDTVIAPENYQVTEQANGFTVAVNPAYIPTLTPGGTLKFVYFMHLNEKADPTKGFKNEANVDNGHTDDQTPPTVEVVTGGKRFIKVDGDVTATQALAGASFVVRDQNSDTANYLKIDETTKAATWVKTKAEATTFTTTADGLVDITGLKYGTYYLEETVAPDDYVLLTNRIEFVVNEQSYGTTENLVSPEKVPNKHKGTLPSTGGKGLEHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Enterococcus faecalis OG1RF
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	474186
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	324

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	33.542 Å
晶胞边长 b length_b	47.600 Å
晶胞边长 c length_c	125.682 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	91.68 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.18 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	89.87 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	125.630 Å
R 因子 r_factor	0.2247
R_work r_work	0.2234
R_free r_free	0.2484

fit	/app/data/saxs_computation/lt/9lty/9lty.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lt/9lty/9lty.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lt/9lty/9lty.dat

Crystal Structure of C-terminal stable fragment of the Shaft pilin EbpC from Enterococcus faecalis

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction