9lu6

Structure of bacteriophage T4 protal-neck protein gp20-gp13-gp14-Hfq assembled in vitro in C6 symmetry

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 275.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lu6
沉积日期 deposition_date	2025-02-07
结构标题 title	Structure of bacteriophage T4 protal-neck protein gp20-gp13-gp14-Hfq assembled in vitro in C6 symmetry
关键词 keywords	Structural protein, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	71.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	71.46 Å
零角强度 I(0) i0	15429700000.00
分子量 molecular_weight	1065800.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1336600 Å³
包络体积 envelope_volume	2071300 Å³
水化壳体积 shell_volume	227230 Å³
包络直径 envelope_diameter	221.5 Å
壳层 Rg shell_rg	79.18 Å
包络 Rg envelope_rg	69.57 Å
形状 Rg shape_rg	71.46 Å
总 Rg total_rg	71.57 Å
总原子数 total_atoms	75102
残基数 n_residues	9282
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	275.0 Å
Rg (实空间) rg_real	75.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.79 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5540e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3010e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	72.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	15460000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8592
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	87.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.645
峰度 Kurtosis kurtosis	0.745
角度范围 angular_range	— – 0.1100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.8463
最高正则化参数 α highest_alpha	1179000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	23
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.572; Stabil: 0.864; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.942; Smooth: 0.940

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Neck protein gp13
分子量 formula_weight	35601.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,L,A,C,D,E,F,G,H,I,J,K
原子数 atom_count	75102

MSGYNPQNPKELKDVILRRLGAPIINVELTPDQIYDCIQRALELYGEYHFDGLNKGFHVFYVGDDEERYKTGVFDLRGSNVFAVTRILRTNIGSITSMDGNATYPWFTDFLLGMAGINGGMGTSCNRFYGPNAFGADLGYFTQLTSYMGMMQDMLSPIPDFWFNSANEQLKVMGNFQKYDLIIVESWTKSYIDTNKMVGNTVGYGTVGPQDSWSLSERYNNPDHNLVGRVVGQDPNVKQGAYNNRWVKDYATALAKELNGQILARHQGMMLPGGVTIDGQRLIEEARLEKEALREELYLLDPPFGILVGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage T4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2681598
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Portal protein
分子量 formula_weight	62177.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	l,k,j,i,h,g,f,e,d,c,b,a

MKFNVLSLFAPWAKMDERNFKDQEKEDLVSITAPKLDDGAREFEVSSNEAASPYNAAFQTIFGSYEPGMKTTRELIDTYRNLMNNYEVDNAVSEIVSDAIVYEDDTEVVALNLDKSKFSPKIKNMMLDEFSDVLNHLSFQRKGSDHFRRWYVDSRIFFHKIIDPKRPKEGIKELRRLDPRQVQYVREIITETEAGTKIVKGYKEYFIYDTAHESYACDGRMYEAGTKIKIPKAAVVYAHSGLVDCCGKNIIGYLHRAVKPANQLKLLEDAVVIYRITRAPDRRVWYVDTGNMPARKAAEHMQHVMNTMKNRVVYDASTGKIKNQQHNMSMTEDYWLQRRDGKAVTEVDTLPGADNTGNMEDIRWFRQALYMALRVPLSRIPQDQQGGVMFDSGTSITRDELTFAKFIRELQHKFEEVFLDPLKTNLLLKGIITEDEWNDEINNIKIEFHRDSYFAELKEAEILERRINMLTMAEPFIGKYISHRTAMKDILQMTDEEIEQEAKQIEEESKEARFQDPDQEQEDFSSGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage T4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2681598
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	RNA-binding protein Hfq
分子量 formula_weight	12583.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X,W,V,U,T,S

MWSHPQFEKGSSMAKGQSLQDPFLNALRRERVPVSIYLVNGIKLQGQIESFDQFVILLKNTVSQMVYKHAISTVVPSRPVSHHSNNAGGGTSSNYHHGSSAQNTSAQQDSEETE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage T4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2681598
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Neck protein gp14
分子量 formula_weight	30657.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,M,O,P,Q,R

HHHHHHSSGMATYDKNLFAKLENRTGYSQTNETEILNPYVNFNHYKNSQILADVLVAESIQMRGVECYYVPREYVSPDLIFGEDLKNKFTKAWKFAAYLNSFEGYEGAKSFFSNFGMQVQDEVTLSINPNLFKHQVNGKEPKEGDLIYFPMDNSLFEINWVEPYDPFYQLGQNAIRKITAGKFIYSGEEINPVLQKNEGINIPEFSELELNAVRNLNGIHDINIDQYAEVDQINSEAKEYVEPYVVVNNRGKSFESSPFDNDFMD

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage T4
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2681598
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.910 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.91 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	80622

fit	/app/data/saxs_computation/lu/9lu6/9lu6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lu/9lu6/9lu6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lu/9lu6/9lu6.dat

Structure of bacteriophage T4 protal-neck protein gp20-gp13-gp14-Hfq assembled in vitro in C6 symmetry

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)