9luu

PSI-4 LHCI dimer supercomplex from M. polymorpha

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 216.9 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9luu
沉积日期 deposition_date	2025-02-10
结构标题 title	PSI-4 LHCI dimer supercomplex from M. polymorpha
关键词 keywords	Photosystem I, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	78.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	78.35 Å
零角强度 I(0) i0	8403670000.00
分子量 molecular_weight	984180.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1304300 Å³
包络体积 envelope_volume	1650700 Å³
水化壳体积 shell_volume	175760 Å³
包络直径 envelope_diameter	289.4 Å
壳层 Rg shell_rg	73.40 Å
包络 Rg envelope_rg	79.19 Å
形状 Rg shape_rg	78.44 Å
总 Rg total_rg	77.89 Å
总原子数 total_atoms	70242
残基数 n_residues	6430
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	216.9 Å
Rg (实空间) rg_real	74.08 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.0690e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4760e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	76.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8359000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9122
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	75.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.417
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.514
角度范围 angular_range	— – 0.1000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.5365
最高正则化参数 α highest_alpha	1372000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	21
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.963; Stabil: 0.990; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.008

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (29)

Entity 1 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
分子量 formula_weight	82484.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,b
原子数 atom_count	70242

MASRFPKFSQGLSQDPTTRRIWFGIATAHDFESHDDMTEERLYQKIFASHFGQLAIIFLWTSGNLFHVAWQGNFEAWGQDPLHVRPIAHAIWDPHFGQPAVEAFTRGGASGPVNIAYSGVYQWWYTIGLRTNQDLYNGALFLVILSSISLIAGWLHLQPKWKPKVSWFKNAESRLNHHLSGLFGVSSLAWTGHLVHVAIPESRGEHVRWDNFLTKLPHPEGLGPFFAGQWNVYAQNVDSSNHAFGTSQGAGTAILTFIGGFHPQTQSLWLTDIAHHHLAIAVVFIIAGHMYRTNFGIGHSIKEILETHTPPGGRLGRGHKGLYDTINNSLHFQLGLALASLGVITSLVAQHMYSLPPYAFLAQDFTTQAALYTHHQYIAGFIMTGAFAHGAIFFIRDYNPEQNKDNVLARMLEHKEAIISHLSWASLFLGFHTLGLYVHNDVMLAFGTPEKQILIEPIFAQWIQSAHGKALYGFDVLLSSTNNPAFNAGQSIWLPGWLDAINNNSNSLFLTIGPGDFLVHHAIALGLHTTTLILVKGALDARGSKLMPDKKEFGYSFPCDGPGRGGTCDISAWDAFYLAVFWMLNTIGWVTFYWHWKHITLWQGNAAQFNESSTYLMGWLRDYLWLNSSQLINGYNPFGMNSLSVWAWMFLFGHLVWATGFMFLISWRGYWQELIETLAWAHERTPLANLVRWKDKPVALSIVQARLVGLAHFSVGYIFTYAAFLIASTSGKFG

Entity 2 polymer

描述 description	Photosystem I iron-sulfur center
分子量 formula_weight	8866.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,c

MAHAVKIYDTCIGCTQCVRACPTDVLEMIPWDGCKANQIASAPRTEDCVGCKRCESACPTDFLSVRVYLGDETTRSMGLSY

Entity 3 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
分子量 formula_weight	22614.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,d

MASLACTSAVAAVAATGPVAKIENGSTNVARSLAMAPLKASSLHGQKMSVASSAARVTMAAAGKAPAAEAPAGFTPPELKADTPSPIFGGSTGGLLRKAQVEEFYVITWDSPKEQIFEMPTGGAAIMRSGPNLLKLARKEQCLALGTALRTKFKIKYQFYRVFPNGEVQYLHPKDGVYPEKVNAGRTAVGFNSRSIGKNKNPAEIKFGKAPAFEL

Entity 4 polymer

描述 description	Photosystem I reaction centre subunit IV
分子量 formula_weight	13821.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,e

MAAAASSMLAMVAAPAAGLSSNVSQTRVQIRRVGAARFPRFTIRAADAPAEPAAAAPAAAPEKAAPPPPFGPKRGSTVKIMRPESYWFNETGTVVSVDQTPGLRYPVVVRFTKCNYAGVNTNNYGIDEVSSV

Entity 5 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit III
分子量 formula_weight	26025.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,f

MATVSMAAISPAGLVAPLNVSSKSTFAASTKVSAFVKNVRARTVCSASAEKEQTVGETAGKIATALALAAVVGTASFVAPEDAMADVAGLTPCKESKAFAKREKNEIKALEKRLKLYGADSAPALAIKATVEKTKRRFAFYGNEGLLCGTDGLPHLIVDGDQAHLGEFVYPGVVFLYIAGWIGWVGRSYLIAIRGEKKPTEKEIIIDVPLATSLLWKGLTWPVAALSELRTGKLIEDASNITVSPR

Entity 6 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic
分子量 formula_weight	16912.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,g

MASCTAQIAVAAGVPALAARSKSIRASSSQVSFSGRNMVSCVSISNRSWESQTKLARANARTVCADTSLVISLSTGALLFLGRFVLLPFQRKQVSQAGLPRQNGVTHFEAGDARAQEVSSLMKTNDPAGFTIVDLLAWGALGHAVGFFILATASNGYDPTF

Entity 7 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic
分子量 formula_weight	14660.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,h

MASIVAVAGPSVVAGLGSSSLSGQKLRVSTRSFSVRAAPSVGVASAKYDAGNSKYFDLEDLGNTTGAWDLYGSDQLSPYNGMQSKFFETFAYPLTKRGILLKLGLLGGALALGFASSSATGDILAIKKGPQGPPQMGPRNRI

Entity 8 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit VIII
分子量 formula_weight	4017.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,i

MTASYLPSIFVPLVGLIFPAITMASLFIYIEQDEIL

Entity 9 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit IX
分子量 formula_weight	4778.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,j

MQDVKTYLSTAPVLATLWFGFLAGLLIEINRFFPDALVLPFF

Entity 10 polymer

描述 description	PSI subunit V
分子量 formula_weight	23152.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,l

MATAAMVRAGGLLSLQQTATKNVVRSSFVGSAAPLRFRSASSSVSVRPMSIRAGATTEGKYQVVEPLNGDPFVGGLETPVTSSPLIAWYLSNLPAYRTAVSPLLRGVEVGLAHGFLLVGPFVKTGPLRNTDIAGPAGSFAAAGLVVILSVCLTMYGIAQFKEGAASIAPSLTLSGRKKEADKLQTAQGWASFSGGFFFGGLSGVYWAYFLLYVVNLPYFVK

Entity 11 polymer

描述 description	Photosystem I reaction center subunit XII
分子量 formula_weight	3568.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,m

MTSISDSQIIVILLSVFITSILALRLGKELYQ

Entity 12 polymer

描述 description	Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
分子量 formula_weight	83299.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.97.1.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,a

MTIRSPEPEVKIVVEKDPVKTSFEKWAKPGHFSRTLAKGPSTTTWIWNLHADAHDFDSHTNDLEEISRKVFSAHFGQLAIIFIWLSGMYFHGARFSNYEAWLSDPTHIKPSAQVVWPIVGQEILNGDVGGGFQGIQITSGFFQLWRASGITSELQLYSTAIGGLVFAALMLFAGWFHYHKAAPKLAWFQDVESMLNHHLAGLLGLGSLSWAGHQVHVSLPINQLLDAGVDPKEIPLPHEFILNRDLLAELYPSFAKGLTPFFTLNWSEYSDFLTFRGGLNPVTGGLWLTDTAHHHLAIAVLFLVAGHMYRTNWGIGHSFKEILEAHKGPFTGEGHKGLYEILTTSWHAQLALNLAMLGSLTIIVAHHMYAMPPYPYLATDYGTQLSLFTHHMWIGGFLIVGAAAHAAIFMVRDYDPTTQYNNLLDRVLRHRDAIISHLNWVCIFLGFHSFGLYIHNDTMSALGRPQDMFSDTAIQLQPVFAQWIQNTHALAPNFTAPNALASTSLTWGGGDVIAVGSKVALLPIPLGTADFLVHHIHAFTIHVTVLILLKGVLFARSSRLIPDKANLGFRFPCDGPGRGGTCQVSAWDHVFLGLFWMYNSISVVIFHFSWKMQSDVWGTISEEGVVTHITGGNFAQSAITINGWLRDFLWAQASQVIQSYGSSLSAYGLLFLGAHFVWAFSLMFLFSGRGYWQELIESIVWAHNKLKVAPAIQPRALSITQGRAVGVAHYLLGGIATTWAFFLARIIAVG

Entity 13 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	28576.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2a,2b

MATAVCTTSRIASIAPSTSATKAVSSGSAVKAAFFGKTLRSAKVSAVSKASFSVRAQATERPLWFPGSTAPEWLDGSLPGDFGFDPLGLGSEPELLKWFVQAEIVHCRWAMLGAAGIFIPELLTKIGILNTPSWYTAGEQTYFADQTTLFIVELLFMGWAEGRRWADILKPGSVNTDPVFPNNKLTGTDVGYPGGFWFDPLGWGAGGAAKVKELRTKEIKNGRLAMLAVMGAWFQAVYTGTGPIDNLFAHLADPGHATVFAALDKLQ

Entity 14 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	30133.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3a,3b

MATTVACRAVAGAVFAPAQEQRLMGGNALRVSFAPIGTSNARSSIVVRASSDKPVKANRQLIFASEQSLSYLDGSLPGDYGFDPLGLSDPQGAGGFIDPNWLRYAEIINGRFAMLGAAGAIAPEIFGKIGLIPQETAIPWFQTGVIPPLGQYSYWADPYTLFVLEMALMGFAEHRRAQDYYKPGSMGKQYFLGFEKVLGGSGDPAYPGGPLFNFLGFGRDEKSMKDLKVKEVKNGRLAMLAVLGYFIQAIFTGVGPFQNLLDHLSDPANNNVLTNLKIH

Entity 15 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	27114.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	5a,5b

MASVSMQAMSVSSAVCKTSFLSGTSSTRFSRNVQVAAAPISSQSLKVEAKKGEWLPGLPSPAYLNGSLAGDNGFDPLGLAEDPAALNWYVQAELQNGRWAMLGVAGMLVPEVLTKIGLINAPLWYDAGKVEYFAPASTLFVIEFILFHYVEIRRWQDIKYPGSVSQDPFFKSYKLPPGDVGYPGGIFNPLKFPANQEYKEKEIANGRLAMLAFLGMLVQSKLTGAGPFENLLTHLADPWHTTIVQTLAN

Entity 16 polymer

描述 description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
分子量 formula_weight	26038.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	6a,6b

MAAATMACVGLSAPALLSGAQRTKFFSGHVSSLSTVSNGSRVSMSSEWMPGQPRPAYLDGSSPGDFGFDPLGLAEVPENFARYKESELIHCRWAMLAVPGVLIPEALGLGNWVSAQQWAATPGGQATYLGNPVPWGTLPIILAIEFLAVAFVEAKRGEEPDHEKRKYPGGPFDPLGFAKDPKKLEEYKLKELKNGRLALLAFLGFSVQAIAYPGTGPLENLASHLSNPWANNIANIIIPRSVL

Entity 17 polymer

描述 description	PSI-K
分子量 formula_weight	13483.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,k

MATSIVSASAVVAAPAREFAGLRATTSFGKVQNVAMLPKSVNGKGALGARCDYIGSSTNLIMVASTTLMLFAGRFGLAPSANRKALSGLKLVDRDSGLQTGDPAGFTATDTLACGVMGHIIGVGIVLGLKATGGL

Entity 18 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	276

Entity 19 non-polymer

描述 description	PHYLLOQUINONE
分子量 formula_weight	450.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 20 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	42

Entity 21 non-polymer

描述 description	DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 22 non-polymer

描述 description	EICOSANE
分子量 formula_weight	282.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 23 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 24 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 25 non-polymer

描述 description	(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
分子量 formula_weight	568.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

Entity 26 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A ISOMER
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 27 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

Entity 28 non-polymer

描述 description	DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 29 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL B
分子量 formula_weight	907.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	28

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.52 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	27750

fit	/app/data/saxs_computation/lu/9luu/9luu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lu/9luu/9luu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lu/9luu/9luu.dat

PSI-4 LHCI dimer supercomplex from M. polymorpha

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (29)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

Entity 15 polymer

聚合体 Polymer

Entity 16 polymer

聚合体 Polymer

Entity 17 polymer

聚合体 Polymer

Entity 18 non-polymer

Entity 19 non-polymer

Entity 20 non-polymer

Entity 21 non-polymer

Entity 22 non-polymer

Entity 23 non-polymer

Entity 24 non-polymer

Entity 25 non-polymer

Entity 26 non-polymer

Entity 27 non-polymer

Entity 28 non-polymer

Entity 29 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)