9lwa

Bacteriophage Mycofy1 distal head-to-tail interface (C6 symmetry)

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 120.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lwa
沉积日期 deposition_date	2025-02-13
结构标题 title	Bacteriophage Mycofy1 distal head-to-tail interface (C6 symmetry)
关键词 keywords	;Mycobacterium, bacteriophage, prolate head, head-to-tail interface, connector protein, terminator protein, tail tube protein, VIRUS, VIRAL PROTEIN ;; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.58 Å
零角强度 I(0) i0	55273300.00
分子量 molecular_weight	56811.0 kDa
排除体积 excluded_volume	70482 Å³
包络体积 envelope_volume	112070 Å³
水化壳体积 shell_volume	30168 Å³
包络直径 envelope_diameter	128.3 Å
壳层 Rg shell_rg	36.62 Å
包络 Rg envelope_rg	34.53 Å
形状 Rg shape_rg	34.57 Å
总 Rg total_rg	34.81 Å
总原子数 total_atoms	4012
残基数 n_residues	521
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	120.2 Å
Rg (实空间) rg_real	34.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.09 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.5270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.2770e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	55260000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6292
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.555
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.332
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4675000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.700; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.122; Positv: 1.000; Valcen: 0.796; Smooth: 0.910

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Head-to-tail stopper
分子量 formula_weight	13696.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4012

MSEEFGGQVVALVSVAETGVPGWGGLKAKARTTTRQPGVHFRPASSTETPDGQTNVATEVWKLTAPPTAAVLAAKPGGELVYDGTEHPESLDLDSAAGRAATFRVDGPIMPKYDLAGQVHHVTIMCKRQAG

Entity 2 polymer

描述 description	Terminator protein gp11
分子量 formula_weight	15704.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MTMADLHDQDAPDEEDFVVCWMQPVMRTAVERDIDAELPFCEVTRIDGADDPEAGTDDPVIQLDFYALGAEAAKAAAKQGHRRMLFLFRNFPTVTLSDGTLADLDFGETLIKPSRMAFEHDQIVRYTARYQLGTSYVAVP

Entity 3 polymer

描述 description	Major tail protein
分子量 formula_weight	29029.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MTQPLTGTTPAAGGYTTVDNRLQGGHRTGLIAVAFRDALGTSTNISPHNANGSVRWSPLAQDGQLRDDLFAHRLENGVWVENTNPNEGWYLAGAFGEGNGPSSRPSIDTDDQMIEQSNWPFESDITKQDEPFTFQALQNLYPAIQRLANNLPLSDANGNPLVELPGEADGFSQPVDAEKIGRQFLLYGIRKKEGRYLYEVDAYDLAYLNNKGERKFGKRGTAAELTFKPEPSGYFMAMVDGEYKPIIKHTFIGGPAWDALAGDGS

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.83 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	12594

fit	/app/data/saxs_computation/lw/9lwa/9lwa.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lw/9lwa/9lwa.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lw/9lwa/9lwa.dat

Bacteriophage Mycofy1 distal head-to-tail interface (C6 symmetry)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)