9lxl

Crystal structure of GH29 family alpha-L-fucosidase from Fusarium proliferatum LE1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 85.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9lxl
沉积日期 deposition_date	2025-02-18
结构标题 title	Crystal structure of GH29 family alpha-L-fucosidase from Fusarium proliferatum LE1
关键词 keywords	alpha-L-fucosidase, GH29, Fusarium Proliferatum, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.39 Å
零角强度 I(0) i0	69844300.00
分子量 molecular_weight	64492.0 kDa
排除体积 excluded_volume	80071 Å³
包络体积 envelope_volume	93242 Å³
水化壳体积 shell_volume	30503 Å³
包络直径 envelope_diameter	88.3 Å
壳层 Rg shell_rg	33.07 Å
包络 Rg envelope_rg	25.76 Å
形状 Rg shape_rg	25.39 Å
总 Rg total_rg	26.18 Å
总原子数 total_atoms	4569
残基数 n_residues	583
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	85.6 Å
Rg (实空间) rg_real	26.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.9840e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0850e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	69840000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8943
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.358
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.379
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18650000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.882; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.985

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	alpha-L-fucosidase
分子量 formula_weight	69097.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.51
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4836

ETQASGPYEATWESTDKHIASPEWFRDAKFGVYWHWGAFTTPQYASEWYPRNMYEPGSDQRKHHTETYGPPEEWGYANFINGADDLKGNFVQFKPVLSSKGGEFDPEAIIKAVKASGAKFAGPVGEHHDGYSMWDSKVNEWNSVKRGPKLDLVKLWADLVRKNGMKLVVAMHQAYNYNGFYEWAPKTNDTSLKKLLGQLSREESDQLWFDKHREMLDHVQPDIIWNDFSLDSPGYCADFDGPCAVAEKKRLEFLAYYFNRAVEWNKEVVTTHKHFDVGFRDTSTVSDYERGGPANITRPYWLTDDAISASSWSYTVGIQYYSSKAMVHSLLDRISKNGNMLLNISPTAVGVLPDEQLKVLQDIGDFLGRYGESVFSTRAWDIYGEGPNQVTGGSFTAPLQGNSSDIRFTRNKDANVLYATVLGWPDDKHVSIASLGSDALVDLKSLKSIELLGDKAGEYEQVSDWKQTKDALEISLPAKPAESLAYVLKLTFDGGIPVPQPKIGASVFSATSATGRGVSLGLGDFSEEFLTEAGLKPDTIRFIRVSSGTKLTVYSTGDLSGDSKELDAGEHKVEEGSVGSITISKAENLYFQSAAASFLEQKLISEEDLNSAVDHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Gibberella intermedia
通用名 common_name	Bulb rot disease fungus, Fusarium proliferatum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	948311
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

Entity 2 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	AZIDE ION
分子量 formula_weight	42.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 7 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	234

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	76.757 Å
晶胞边长 b length_b	76.757 Å
晶胞边长 c length_c	225.338 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	2.191 Å
最低分辨率 resolution_low	63.440 Å
R 因子 r_factor	0.2036
R_work r_work	0.2020
R_free r_free	0.2339

fit	/app/data/saxs_computation/lx/9lxl/9lxl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lx/9lxl/9lxl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lx/9lxl/9lxl.dat