9m06

Outer membrane lipoprotein QseG of Salmonella enterica serovar Typhimurium SL1344

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 92.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9m06
沉积日期 deposition_date	2025-02-24
结构标题 title	Outer membrane lipoprotein QseG of Salmonella enterica serovar Typhimurium SL1344
关键词 keywords	signal activation, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.05 Å
零角强度 I(0) i0	19679600.00
分子量 molecular_weight	32963.0 kDa
排除体积 excluded_volume	40872 Å³
包络体积 envelope_volume	51040 Å³
水化壳体积 shell_volume	19257 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.4 Å
壳层 Rg shell_rg	27.93 Å
包络 Rg envelope_rg	25.93 Å
形状 Rg shape_rg	25.03 Å
总 Rg total_rg	25.41 Å
总原子数 total_atoms	2319
残基数 n_residues	286
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.5 Å
Rg (实空间) rg_real	25.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.94 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9680e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1850e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	19680000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7603
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.752
峰度 Kurtosis kurtosis	0.078
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2635000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.510; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.386; Smooth: 0.964

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Outer membrane lipoprotein
分子量 formula_weight	21265.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2518

CVPHASQQLPGSAAQDTLPHYQLADYLPTACADIWSLRGQAVETNPLYWLRTIDCADRLMPVQSRAEARALTDDNWQNAFRRGILLADAKITPPERRAIVTRLEALSAQIPAQVRPVYQIWHDGQALQLALSAERQRYSKLQQMSDSELDALRQQQQALQTQLDLTTRKLESLTDIERQLSTRKPLE

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. SL1344
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	216597
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	189

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	90.090 Å
晶胞边长 b length_b	41.001 Å
晶胞边长 c length_c	126.658 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.18 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	37.140 Å
R 因子 r_factor	0.2120
R_work r_work	0.2102
R_free r_free	0.2340

fit	/app/data/saxs_computation/m0/9m06/9m06.fit
pddf	/app/data/pr_computation/m0/9m06/9m06.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/m0/9m06/9m06.dat

Outer membrane lipoprotein QseG of Salmonella enterica serovar Typhimurium SL1344

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction