9m0b

Crystal structure of alpha-agarase AGA from Catenovulum maritimum

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 149.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9m0b
沉积日期 deposition_date	2025-02-24
最后修订 last_revision	2026-03-04
结构标题 title	Crystal structure of alpha-agarase AGA from Catenovulum maritimum
关键词 keywords	Glycoside Hydrolase, Structural Genomics, PSI-Biology, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.32 Å
零角强度 I(0) i0	467553000.00
分子量 molecular_weight	174760.0 kDa
排除体积 excluded_volume	216900 Å³
包络体积 envelope_volume	274050 Å³
水化壳体积 shell_volume	56114 Å³
包络直径 envelope_diameter	162.1 Å
壳层 Rg shell_rg	44.89 Å
包络 Rg envelope_rg	42.27 Å
形状 Rg shape_rg	42.33 Å
总 Rg total_rg	42.39 Å
总原子数 total_atoms	12360
残基数 n_residues	1545
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	149.4 Å
Rg (实空间) rg_real	42.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.6760e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.9480e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	467400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8290
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	40.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.590
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.040
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	67590000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.731; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.899; Smooth: 0.681

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Alpha-agarase
分子量 formula_weight	86176.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	13781

GIYIQLEDFDETGTVGRVASDPNDGFVKGDSNVGWVTNGDWGKYHNVFLEAGTYRAFITVSTPAGGSYGARVDIDGEPFAWGYFDSTGGWDIAAEYELYGGDLVVESTGNHTLHIEAVGGSDWQWSGDLVRLAKVNDSTVKQPRVYNPNEHLVAEIEGPATGLQYLKTPVEIPLANKVLKSDVWYTYPQNRNLVVDGDTPYADFGATGAFWGHPPEHDFYDDTVIMDWAVNVVDDFQSEGFEYTARGEFDWGYGWFTEFTTNPQPHYVQTLDGRNVRMTFMGYLSHDGYNNNWLSNHSPAFVPFMKSQVDQILKANPDKLMFDTQTNSTRSTDMRDFGGDFSPYAMENFRVWLSKKYSYAELSAMGINDITTFDYKQHLLDAGVTHTSWSNAGDRLEGNIPMLEDFIYFNRDVWNQKFAEVLDYIRQQRPNIEIGASTHLFESRGYVFNENITFLSGELNLGARTSISELPTNILVHLKGAQAVDKTLAYFPYPWEFDELRLQNAPRFGRGWVAQAYAYGGLFSIPANVWVGGEVFTWSPGADNYRDIYQFVRAQANLFDGYTSYAKAGYVHAMFSSMKAGFIDGGNQVQSSVKILTEDNINFDMLVFGDAGYPVVPRQADFDKFEHIFYDGDLNYLTTEQKAVLDAQGSKVRHIGQRGSLAGLQINVSINGSVSNETVSAVSRIHETDSTAPYVVHLINRPFAGGVTPILNNVEVAIPASYFPEGVTSAKLHLPDGTSSTVAVSTNANGDAVVSVSNLEVWGILELAHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Catenovulum maritimum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1513271
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,4,7,10,13,16-HEXAOXACYCLOOCTADECANE
分子量 formula_weight	264.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 6 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 7 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 8 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1367

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	129.242 Å
晶胞边长 b length_b	136.065 Å
晶胞边长 c length_c	109.173 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.640 Å
最低分辨率 resolution_low	109.170 Å
R 因子 r_factor	0.1888
R_work r_work	0.1871
R_free r_free	0.2201

fit	/app/data/saxs_computation/m0/9m0b/9m0b.fit
pddf	/app/data/pr_computation/m0/9m0b/9m0b.pr.out
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