9m0q

;The Structural Complex of Inactivated Lactobacillus delbrueckii Cystathionine beta-Lyase Mutant (LdPatB A34D) with Its Substrate L-(+)-Alliin ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 95.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9m0q
沉积日期 deposition_date	2025-02-25
最后修订 last_revision	2025-03-26
结构标题 title	;The Structural Complex of Inactivated Lactobacillus delbrueckii Cystathionine beta-Lyase Mutant (LdPatB A34D) with Its Substrate L-(+)-Alliin ;
关键词 keywords	C-S cleavage reaction, L-cysteine-S-conjugate, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.92 Å
零角强度 I(0) i0	226304000.00
分子量 molecular_weight	80669.0 kDa
排除体积 excluded_volume	78319 Å³
包络体积 envelope_volume	127310 Å³
水化壳体积 shell_volume	37449 Å³
包络直径 envelope_diameter	103.0 Å
壳层 Rg shell_rg	35.80 Å
包络 Rg envelope_rg	28.05 Å
形状 Rg shape_rg	27.91 Å
总 Rg total_rg	28.47 Å
总原子数 total_atoms	6107
残基数 n_residues	761
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.8 Å
Rg (实空间) rg_real	28.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2630e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5210e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.57 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	226300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8829
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.324
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.332
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	81380000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.842; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.966

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	cysteine-S-conjugate beta-lyase
分子量 formula_weight	44330.3 kDa
EC 编号 ec_number	4.4.1.13
突变 mutation	A34D/V311E/N326D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6200

MAEKQYDFTHVPKRQGNSIKWGGLKEKELPMWIDEMDFRIAPEIMTSMEEKLKVAAFGYESVPAEYYKAVADWEEIEHRARPKEDWCVFASGVVPAISAMVRQFTSPGDQILVQEPVYNMFYSVIEGNGRRVISSDLIYENSKYSVNWADLEEKLATPSVRMMVFCNPHNPIGYAWSEEEVKRIAELCAKHQVLLISDEIHGDLVLTDEDITPAFTVDWDAKNWVVSLISPSKTFNLAALHAACAIIPNPDLRARAEESFFLAGIGEPNLLAIPAAIAAYEEGHNWLRELKQVLRDNFAYAREFLAKEVPEVKVLDSNASYLAWVDISALGMNAEDFCKYLREKTGLIISAGNGYRGNGHEFVRINLACPKELVIDGMQRLKQGVLNLNN

来源 Source

来源生物 organism	Lactobacillus delbrueckii subsp. lactis DSM 20072
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	888027
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	ALLIIN
分子量 formula_weight	177.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	93

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	111.831 Å
晶胞边长 b length_b	91.682 Å
晶胞边长 c length_c	80.871 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	125.06 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.180 Å
最低分辨率 resolution_low	45.770 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2510
R_free r_free	0.3032

fit	/app/data/saxs_computation/m0/9m0q/9m0q.fit
pddf	/app/data/pr_computation/m0/9m0q/9m0q.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/m0/9m0q/9m0q.dat

;The Structural Complex of Inactivated Lactobacillus delbrueckii Cystathionine beta-Lyase Mutant (LdPatB A34D) with Its Substrate L-(+)-Alliin ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction