9m2x

Decamer Msp1 from S.cerevisiae(with a catalytic dead mutation) in complex with an unknown peptide substrate

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 141.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9m2x
沉积日期 deposition_date	2025-02-28
结构标题 title	Decamer Msp1 from S.cerevisiae(with a catalytic dead mutation) in complex with an unknown peptide substrate
关键词 keywords	Complex, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.42 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.02 Å
零角强度 I(0) i0	1654600000.00
分子量 molecular_weight	341580.0 kDa
排除体积 excluded_volume	429670 Å³
包络体积 envelope_volume	554950 Å³
水化壳体积 shell_volume	98466 Å³
包络直径 envelope_diameter	155.9 Å
壳层 Rg shell_rg	53.09 Å
包络 Rg envelope_rg	44.14 Å
形状 Rg shape_rg	44.03 Å
总 Rg total_rg	44.32 Å
总原子数 total_atoms	23926
残基数 n_residues	2999
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	141.4 Å
Rg (实空间) rg_real	44.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.90 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6550e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7540e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1655000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8771
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	58.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.166
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.328
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	321100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.859; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.853

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Outer mitochondrial transmembrane helix translocase
分子量 formula_weight	36787.1 kDa
EC 编号 ec_number	7.4.2.-
突变 mutation	E193Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,I,H,G,F,E,D,C,B,A
原子数 atom_count	23937

DVESGPLSGKSRESKAKQSLQWEKLVKRSPALAEVTLDAYERTILSSIVTPDEINITFQDIGGLDPLISDLHESVIYPLMMPEVYSNSPLLQAPSGVLLYGPPGCGKTMLAKALAKESGANFISIRMSSIMDKWYGESNKIVDAMFSLANKLQPCIIFIDQIDSFLRERSSTDHEVTATLKAEFMTLWDGLLNNGRVMIIGATNRINDIDDAFLRRLPKRFLVSLPGSDQRYKILSVLLKDTKLDEDEFDLQLIADNTKGFSGSDLKELCREAALDAAKEYIKQKRQLIDSGTIDVNDTSSLKIRPLKTKDFTKKLRMDATSTLSSQPLD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	An unknown peptide substrate
分子量 formula_weight	1890.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli BL21(DE3)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	469008
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.27 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	95624

fit	/app/data/saxs_computation/m2/9m2x/9m2x.fit
pddf	/app/data/pr_computation/m2/9m2x/9m2x.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/m2/9m2x/9m2x.dat

Decamer Msp1 from S.cerevisiae(with a catalytic dead mutation) in complex with an unknown peptide substrate

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)