SAXSdb — 9m3s

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9m3s
沉积日期 deposition_date	2025-03-03
结构标题 title	Cryo-EM structure of the histamine-bound zTAAR13a-Gs complex
关键词 keywords	GPCR, combinatorial coding, zebrafish, TAAR13 family, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.57 Å
零角强度 I(0) i0	221547000.00
分子量 molecular_weight	120220.0 kDa
排除体积 excluded_volume	150490 Å³
包络体积 envelope_volume	191220 Å³
水化壳体积 shell_volume	46134 Å³
包络直径 envelope_diameter	130.8 Å
壳层 Rg shell_rg	40.52 Å
包络 Rg envelope_rg	35.89 Å
形状 Rg shape_rg	35.55 Å
总 Rg total_rg	35.97 Å
总原子数 total_atoms	8451
残基数 n_residues	1071
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	123.3 Å
Rg (实空间) rg_real	35.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2150e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.1430e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	221500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6279
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.561
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.072
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	50370000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.755; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.062; Positv: 1.000; Valcen: 0.926; Smooth: 0.779

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子量 formula_weight	37416.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	8451

MSELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYAMHWGTDSRLLVSASQDGKLIIWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNICSIYNLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSSGDTTCALWDIETGQQTTTFTGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNAFATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDALKADRAGVLAGHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子量 formula_weight	7861.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MASNNTASIAQARKLVEQLKMEANIDRIKVSKAAADLMAYCEAHAKEDPLLTPVPASENPFREKKFFCAIL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 3 polymer

描述 description	Nb35
分子量 formula_weight	15271.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MQVQLQESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSNYKMNWVRQAPGKGLEWVSDISQSGASISYTGSVKGRFTISRDNAKNTLYLQMNSLKPEDTAVYYCARCPAPFTRDCFDVTSTTYAYRGQGTQVTVSSHHHHHHEPEA

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia

Entity 4 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
分子量 formula_weight	28304.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MGSTVSAEDKAAAERSKMIDKNLREDGEKAAAATHRLLLLGADNSGKSTIVKQMRIYHGGSGGSGGTSGIFETKFQVDKVNFHMFDVGAQRDERRKWIQCFNDVTAIIFVVDSSDYNRLQEALNDFKSIWNNRWLRTISVILFLNKQDLLAEKVLAGKSKIEDYFPEFARYTTPEDATPEPGEDPRVTRAKYFIRDEFLRISTASGDGRHYCYPHFTCSVDTENARRIFNDCRDIIQRMHLRQYELL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 5 polymer

描述 description	Trace amine-associated receptor 13a
分子量 formula_weight	38782.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MDLSSQEYDPSQFCFPAVNNSCLKGTHHVSTQTVVYLILASAMTVTILGNSVVIISIAHFKQLQTPTNILVMSLALADLLLGLVVMPFSMIRSVDGCWYYGETFCMLHSTFDLFLTSVSILHLVCIAVDRHQAVCYPLQYPTRITISVAWVMVMISWTLIAIYSYGLVYSKANVEGLEEYIESIYCMGHCSLLFSKLWSVLDTFITFFFPSCIMVGLYIRIFVVANKHARVITEANPNENENVFKSSRRSERKAAKTLGIVVGAFIICWLPFFINSLMDPYINFSTPVALFDAFVWLGYINSTINPIIYGFFYPWFRKTLYLIITRRIFEPNSSDINVFTV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 6 non-polymer

描述 description	HISTAMINE
分子量 formula_weight	111.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.830 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.83 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	559961

fit	/app/data/saxs_computation/m3/9m3s/9m3s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/m3/9m3s/9m3s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/m3/9m3s/9m3s.dat

Cryo-EM structure of the histamine-bound zTAAR13a-Gs complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)