9m53

Crystal structure of 1L-myo-inositol 1-phosphate synthase 1 from Oryza sativa

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 117.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9m53
沉积日期 deposition_date	2025-03-05
结构标题 title	Crystal structure of 1L-myo-inositol 1-phosphate synthase 1 from Oryza sativa
关键词 keywords	1L-myo-inositol 1-phosphate synthase 1, Isomerase; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.81 Å
零角强度 I(0) i0	772595000.00
分子量 molecular_weight	228920.0 kDa
排除体积 excluded_volume	286710 Å³
包络体积 envelope_volume	341740 Å³
水化壳体积 shell_volume	71022 Å³
包络直径 envelope_diameter	121.9 Å
壳层 Rg shell_rg	46.80 Å
包络 Rg envelope_rg	38.12 Å
形状 Rg shape_rg	37.83 Å
总 Rg total_rg	38.20 Å
总原子数 total_atoms	16038
残基数 n_residues	2023
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	117.7 Å
Rg (实空间) rg_real	38.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.69 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.7260e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1930e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	772700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8916
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	48.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.152
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.515
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	218100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.947; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.765

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Inositol-3-phosphate synthase 1
分子量 formula_weight	56912.8 kDa
EC 编号 ec_number	5.5.1.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	17695

GSGMKEMFIESFRVESPHVRYGAAEIESDYQYDTTELVHESHDGASRWIVRPKSVRYNFRTTTTVPKLGVMLVGWGGNNGSTLTAGVIANREGISWATKDKVQQANYYGSLTQASTIRVGSYNGEEIYAPFKSLLPMVNPDDLVFGGWDISNMNLADAMTRAKVLDIDLQKQLRPYMESMVPLPGIYDPDFIAANQGSRANNVIKGTKKEQMEQIIKDIREFKEKSKVDKVVVLWTANTERYSNVCVGLNDTMENLLASVDKNEAEISPSTLYAIACVMEGIPFINGSPQNTFVPGLIDLAIKNNCLIGGDDFKSGQTKMKSVLVDFLVGAGIKPTSIVSYNHLGNNDGMNLSAPQTFRSKEISKSNVVDDMVSSNAILYELGEHPDHVVVIKYVPYVGDSKRAMDEYTSEIFMGGKSTIVLHNTCEDSLLAAPIILDLVLLAELSTRIQLKAEGEEKFHSFHPVATILSYLTKAPLVPPGTPVVNALAKQRAMLENIMRACVGLAPENNMILEYK

来源 Source

来源生物 organism	Oryza sativa
通用名 common_name	Asian cultivated rice
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4530
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	[(3S,4R,5S)-3,4,5,6,6-pentahydroxy-2-oxo-hexyl] dihydrogen phosphate
分子量 formula_weight	276.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	665.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	26

Entity 5 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1657

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	70.301 Å
晶胞边长 b length_b	137.079 Å
晶胞边长 c length_c	217.966 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.790 Å
最低分辨率 resolution_low	47.450 Å
R 因子 r_factor	0.1500
R_work r_work	0.1479
R_free r_free	0.1883

fit	/app/data/saxs_computation/m5/9m53/9m53.fit
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