SAXSdb — 9m55

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9m55
沉积日期 deposition_date	2025-03-05
结构标题 title	Structural insight into determinants of endogenous agonist selectivity of aminergic receptors from octopamine b2 receptor structure
关键词 keywords	GPCR, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.28 Å
零角强度 I(0) i0	346894000.00
分子量 molecular_weight	100670.0 kDa
排除体积 excluded_volume	97599 Å³
包络体积 envelope_volume	185020 Å³
水化壳体积 shell_volume	44283 Å³
包络直径 envelope_diameter	119.6 Å
壳层 Rg shell_rg	40.61 Å
包络 Rg envelope_rg	35.45 Å
形状 Rg shape_rg	35.30 Å
总 Rg total_rg	35.53 Å
总原子数 total_atoms	7625
残基数 n_residues	1070
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	114.8 Å
Rg (实空间) rg_real	35.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.90 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4690e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.2210e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	346900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8998
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	47.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.188
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.604
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	46440000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.930; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.913

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	G-protein subunit alpha
分子量 formula_weight	47011.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7632

MKDHLIHNHHKHEHAHAEHLYFQGSSGSSGMASTLSAEDKAAVERSKMIEKQIQKDKQIYRATHRLLLLGAGESGKNTIVKQMRILHVNGFSEEEKKQKIEDIKKNIRDAILTITGAMSTLVPPVQLQKSENQWRVDYIQDVASSPDFDYPAEFYEHTEILWKDKGVQAAFERSNEYQLIDCAKYFLDRVATIKQLDYTPNEQDILRCRVLTSGIFETKFQVDKVNFHMFDVGAQRDERRKWIQCFNDVTAIIFVTACSSYNMVLREDPNQNRLRASLKLFDSIWNNKWLRDTSVILFLNKQDLLAEKIKAGKSRLEEYFPEFAHYQTPSDAVIETGEDPEVIRAKYFIRDEFLRISTASGDGKHYCYPHFTCSVDTENIRRVFNDCRDIIQRMHLRQYELL

来源 Source

来源生物 organism	Ixodes scapularis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6945
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子量 formula_weight	39541.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MDYKDDDDKENLYFQGGSMSELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYAMHWGTDSRLLVSASQDGKLIIWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNICSIYNLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSSGDTTCALWDIETGQQTTTFTGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNAFATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDALKADRAGVLAGHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda granulovirus

Entity 3 polymer

描述 description	G-protein gamma subunit
分子量 formula_weight	11222.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MSYYHHHHHHDYDIPTTENLYFQGAMGSMASNNTASIAQARKLVEQLKMEANIDRIKVSKAAADLMAYCEAHAKEDPLLTPVPASENPFREKKFFSAIL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda granulovirus

Entity 4 polymer

描述 description	octopamine b2 receptor
分子量 formula_weight	48186.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MKTIIALSYIFCLVFADYKDDDDKENLYFQGMTVAAPNASLANLTEEAQADDESWESVLKLVLKTLALVTIISSAVFGNLLVVTSVIRHHKLRITTNYFIVSLALADTLVALFAMTFNASVTISGRWLFNQTVCDFWNSCDVLFSTASIMHLCCISVDRYYAIIKPLEYPTKITGRTVAIMLTCAWVSSGLISFIPIFLGWYTTNEHLVYKVEHPDECIFVVNKPYAIISSSVSFWIPCCIMLFTYWRIYVEATRQEKMLCKSQMGPGMLCRNSTDQSMPNVHAPPHRNSHGDDPESGQSTPTKRTINKMKREHKAAKTLGIIMGAFILCWLPFFLWYVSITMCGDACPCPELVVDLLFWIGYLNSSLNPVIYAYFNREFRQAFKETLQAIFCSSRCSSCATGSRQTGGRPPGRTHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Ixodes scapularis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6945
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda granulovirus

Entity 5 polymer

描述 description	single chain Fv 16
分子量 formula_weight	32919.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

MKDHLIHNHHKHEHAHAEHLYFQGSSGSSGDVQLVESGGGLVQPGGSRKLSCSASGFAFSSFGMHWVRQAPEKGLEWVAYISSGSGTIYYADTVKGRFTISRDDPKNTLFLQMTSLRSEDTAMYYCVRSIYYYGSSPFDFWGQGTTLTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIVMTQATSSVPVTPGESVSISCRSSKSLLHSNGNTYLYWFLQRPGQSPQLLIYRMSNLASGVPDRFSGSGSGTAFTLTISRLEAEDVGVYYCMQHLEYPLTFGAGTKLELKSAWSHPQFEKGGGSGGGSGGSAWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 non-polymer

描述 description	~{N}'-(2,4-dimethylphenyl)-~{N}-methyl-methanimidamide
分子量 formula_weight	162.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.39 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	246183

fit	/app/data/saxs_computation/m5/9m55/9m55.fit
pddf	/app/data/pr_computation/m5/9m55/9m55.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/m5/9m55/9m55.dat

Structural insight into determinants of endogenous agonist selectivity of aminergic receptors from octopamine b2 receptor structure

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)