9m6w

Hexamer Msp1 from S.cerevisiae (with a catalytic dead mutation) in complex with an unknown peptide substrate

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 126.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9m6w
沉积日期 deposition_date	2025-03-07
结构标题 title	Hexamer Msp1 from S.cerevisiae (with a catalytic dead mutation) in complex with an unknown peptide substrate
关键词 keywords	Complex, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.67 Å
零角强度 I(0) i0	597617000.00
分子量 molecular_weight	203620.0 kDa
排除体积 excluded_volume	256420 Å³
包络体积 envelope_volume	337970 Å³
水化壳体积 shell_volume	66784 Å³
包络直径 envelope_diameter	132.9 Å
壳层 Rg shell_rg	48.00 Å
包络 Rg envelope_rg	40.61 Å
形状 Rg shape_rg	40.68 Å
总 Rg total_rg	41.01 Å
总原子数 total_atoms	14269
残基数 n_residues	1791
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	126.7 Å
Rg (实空间) rg_real	40.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.68 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.9760e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.2760e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	597700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8999
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	0
主峰位置 r_peak_primary	— Å
偏度 Skewness skewness	0.174
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.630
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	126700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.963; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.806

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Outer mitochondrial transmembrane helix translocase
分子量 formula_weight	36787.1 kDa
EC 编号 ec_number	7.4.2.-
突变 mutation	E193Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,D,E,F,A
原子数 atom_count	14269

DVESGPLSGKSRESKAKQSLQWEKLVKRSPALAEVTLDAYERTILSSIVTPDEINITFQDIGGLDPLISDLHESVIYPLMMPEVYSNSPLLQAPSGVLLYGPPGCGKTMLAKALAKESGANFISIRMSSIMDKWYGESNKIVDAMFSLANKLQPCIIFIDQIDSFLRERSSTDHEVTATLKAEFMTLWDGLLNNGRVMIIGATNRINDIDDAFLRRLPKRFLVSLPGSDQRYKILSVLLKDTKLDEDEFDLQLIADNTKGFSGSDLKELCREAALDAAKEYIKQKRQLIDSGTIDVNDTSSLKIRPLKTKDFTKKLRMDATSTLSSQPLD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	An unknown peptide substrate
分子量 formula_weight	1294.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

XXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli BL21(DE3)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	469008
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	52316

fit	/app/data/saxs_computation/m6/9m6w/9m6w.fit
pddf	/app/data/pr_computation/m6/9m6w/9m6w.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/m6/9m6w/9m6w.dat

Hexamer Msp1 from S.cerevisiae (with a catalytic dead mutation) in complex with an unknown peptide substrate

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)