9m84

Cryo-EM structure of Streptomyces coelicolor sigma factor shbA transcription initiation complex with shbA promoter

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 180.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9m84
沉积日期 deposition_date	2025-03-11
结构标题 title	Cryo-EM structure of Streptomyces coelicolor sigma factor shbA transcription initiation complex with shbA promoter
关键词 keywords	DNA binding protein, RNA polymerase holoenzyme, TRANSCRIPTION, TRANSFERASE-DNA-RNA complex; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.71 Å
零角强度 I(0) i0	1852760000.00
分子量 molecular_weight	342720.0 kDa
排除体积 excluded_volume	423270 Å³
包络体积 envelope_volume	609130 Å³
水化壳体积 shell_volume	103410 Å³
包络直径 envelope_diameter	191.7 Å
壳层 Rg shell_rg	54.03 Å
包络 Rg envelope_rg	47.70 Å
形状 Rg shape_rg	47.72 Å
总 Rg total_rg	47.89 Å
总原子数 total_atoms	24018
残基数 n_residues	2989
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	180.6 Å
Rg (实空间) rg_real	47.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.77 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8530e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7190e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1853000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8135
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	60.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.486
峰度 Kurtosis kurtosis	0.222
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	498500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.533; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.973

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
分子量 formula_weight	36734.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	24018

MLIAQRPSLTEEVVDEFRSRFVIEPLEPGFGYTLGNSLRRTLLSSIPGAAVTSIRIDGVLHEFTTVPGVKEDVTDLILNIKQLVVSSEHDEPVVMYLRKQGPGLVTAADIAPPAGVEVHNPDLVLATLNGKGKLEMELTVERGRGYVSAVQNKQVGQEIGRIPVDSIYSPVLKVTYKVEATRVEQRTDFDKLIVDVETKQAMRPRDAMASAGKTLVELFGLARELNIDAEGIDMGPSPTDAALAADLALPIEELELTVRSYNCLKREGIHSVGELVARSEADLLDIRNFGAKSIDEVKAKLAGMGLALKDSPPGFDPTAAADAFGADDDADAGFVETEQY

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces coelicolor A3(2)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	100226
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit beta
分子量 formula_weight	128644.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MAASRNASTANTNNAASTAPLRISFAKIKEPLEVPNLLALQTESFDWLLGNDAWKARVESALESGQDVPTKSGLEEIFEEISPIEDFSGSMSLTFRDHRFEPPKNSIDECKDRDFTYAAPLFVTAEFTNNETGEIKSQTVFMGDFPLMTNKGTFVINGTERVVVSQLVRSPGVYFDSSIDKTSDKDIFSAKIIPSRGAWLEMEIDKRDMVGVRIDRKRKQSVTVLLKALGWTTEQILEEFGEYESMRATLEKDHTQGQDDALLDIYRKLRPGEPPTREAAQTLLENLYFNPKRYDLAKVGRYKVNKKLGADEPLDAGVLTTDDVIATIKYLVKLHAGETETVGESGREIVVETDDIDHFGNRRIRNVGELIQNQVRTGLARMERVVRERMTTQDVEAITPQTLINIRPVVASIKEFFGTSQLSQFMDQNNPLSGLTHKRRLNALGPGGLSRERAGFEVRDVHPSHYGRMCPIETPEGPNIGLIGSLASYGRINPFGFIETPYRKVVEGQVTDDVDYLTADEEDRFVIAQANAALGDDMRFAEARVLVRRRGGEVDYVPGDDVDYMDVSPRQMVSVATAMIPFLEHDDANRALMGANMMRQAVPLIKSESPLVGTGMEYRSAADAGDVVKAEKAGVVQEVSADYITTTNDDGTYITYRLAKFSRSNQGTSVNQKVIVAEGDRIIEGQVLADGPATENGEMALGKNLLVAFMPWEGHNYEDAIILSQRLVQDDVLSSIHIEEHEVDARDTKLGPEEITRDIPNVSEEVLADLDERGIIRIGAEVVAGDILVGKVTPKGETELTPEERLLRAIFGEKAREVRDTSLKVPHGEIGKVIGVRVFDREEGDELPPGVNQLVRVYVAQKRKITDGDKLAGRHGNKGVISKINPIEDMPFLEDGTPVDIILNPLAVPSRMNPGQVLEIHLGWLASRGWDVSGLAEEWAQRLQVIGADKVEPGTNVATPVFDGAREDELAGLLQHTIPNRDGERMVLPSGKARLFDGRSGEPFPEPISVGYMYILKLHHLVDDKLHARSTGPYSMITQQPLGGKAQFGGQRFGEMEVWALEAYGAAYALQELLTIKSDDVTGRVKVYEAIVKGENIPEPGIPESFKVLIKEMQSLCLNVEVLSSDGMSIEMRDTDEDVFRAAEELGIDLSRREPSSVEEV

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces coelicolor A3(2)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	100226
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;
分子量 formula_weight	144807.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MLDVNFFDELRIGLATADDIRQWSHGEVKKPETINYRTLKPEKDGLFCEKIFGPTRDWECYCGKYKRVRFKGIICERCGVEVTRAKVRRERMGHIELAAPVTHIWYFKGVPSRLGYLLDLAPKDLEKVIYFAAYMITFVDEERRTRDLPSLEAHVSVERQQIEQRRDSDLEARAKKLETDLAELEAEGAKADVRRKVREGAEREMKQLRDRAQREIDRLDEVWNRFKNLKVQDLEGDELLYRELRDRFGTYFDGSMGAAALQKRLESFDLDEEAERLREIIRTGKGQKKTRALKRLKVVSAFLQTSNSPKGMVLDCVPVIPPDLRPMVQLDGGRFATSDLNDLYRRVINRNNRLKRLLDLGAPEIIVNNEKRMLQEAVDALFDNGRRGRPVTGPGNRPLKSLSDMLKGKQGRFRQNLLGKRVDYSARSVIVVGPQLKLHQCGLPKAMALELFKPFVMKRLVDLNHAQNIKSAKRMVERGRTVVYDVLEEVIAEHPVLLNRAPTLHRLGIQAFEPQLVEGKAIQIHPLVCTAFNADFDGDQMAVHLPLSAEAQAEARILMLSSNNILKPADGRPVTMPTQDMVLGLFFLTTDSEGRSPKGEGRAFGSSAEAIMAFDAGDLTLQAKIDIRFPVGTIPPRGFEPPAREEGEPEWQQGDTFTLKTTLGRALFNELLPEDYPFVDYEVGKKQLSEIVNDLAERYPKVIVAATLDNLKAAGFFWATRSGVTVAISDIVVPDAKKEIVKGYEGQDEKVQKQYERGLITKEERTQELIAIWTKATNEVAEAMNDNFPKTNPVSMMVNSGARGNMMQMRQIAGMRGLVSNAKNETIPRPIKASFREGLSVLEYFISTHGARKGLADTALRTADSGYLTRRLVDVSQDVIIREEDCGTERGLKLPIATRDADGTLRKAEDVETSVYARMLAEDVVIDGKVIAPANVDLGDVLIDALVAHGVEEVKTRSILTCESQVGTCAMCYGRSLATGKLVDIGEAVGIIAAQSIGEPGTQLTMRTFHTGGVAGDDITQGLPRVVELFEARTPKGVAPISEASGRVRIEETEKTKKIVVTPDDGSDETAFPISKRARLLVGEGDHVEVGQKLTVGATNPHDVLRILGQRAVQVHLVGEVQKVYNSQGVSIHDKHIEIIIRQMLRRVTIIESGDAELLPGELVERTKFETENRRVVQEGGHPASGRPQLMGITKASLATESWLSAASFQETTRVLTDAAINAKSDSLIGLKENVIIGKLIPAGTGLSRYRNIRVEPTEEAKAAMYSAVGYDDIDYSPFGTGSGQAVPLEDYDYGPYNQ

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces coelicolor A3(2)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	100226
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	ECF sigma factor
分子量 formula_weight	21357.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MRDDDAPPDQGTVGGLVHRAVDGDEQATHDLLAHVHPLALRYCRTRLSRLPGDARHFVEDLAQEVCVAVLLALPRYKDTGRPFEAFVFAIAAHKVADLQRAAMRHPGSTAVPSDEMPERPDDSLGPEERALLNSDAAWAKKLLANLPENQRELLLLRIAVGLTAEETGQMLGMSPGAVRVAQHRALSRLRALAEQ

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces coelicolor A3(2)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	100226
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 polymer

描述 description	DNA (27-MER)
分子量 formula_weight	9602.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

CGAGGAACTCCACTGGAGTAGGATGCGTCAT

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces coelicolor A3(2)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	100226
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 6 polymer

描述 description	DNA (31-MER)
分子量 formula_weight	9575.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H

ATGACGCATCCTTGAGGTGTGGAGTTCCTCG

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces coelicolor A3(2)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	100226
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.610 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.61 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	85184

fit	/app/data/saxs_computation/m8/9m84/9m84.fit
pddf	/app/data/pr_computation/m8/9m84/9m84.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/m8/9m84/9m84.dat

Cryo-EM structure of Streptomyces coelicolor sigma factor shbA transcription initiation complex with shbA promoter

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)