9m88

PGS fused GPR3 dimer with antagonist AF64394

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 104.8 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9m88
沉积日期 deposition_date	2025-03-11
结构标题 title	PGS fused GPR3 dimer with antagonist AF64394
关键词 keywords	GPCR, dimer, antagonist, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.58 Å
零角强度 I(0) i0	272218000.00
分子量 molecular_weight	93848.0 kDa
排除体积 excluded_volume	93839 Å³
包络体积 envelope_volume	168400 Å³
水化壳体积 shell_volume	43490 Å³
包络直径 envelope_diameter	113.3 Å
壳层 Rg shell_rg	39.25 Å
包络 Rg envelope_rg	32.17 Å
形状 Rg shape_rg	32.54 Å
总 Rg total_rg	33.08 Å
总原子数 total_atoms	7137
残基数 n_residues	899
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.8 Å
Rg (实空间) rg_real	33.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7220e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.1070e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	272200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9057
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	43.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.233
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.519
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	62530000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.949; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.923

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	GPR3
分子量 formula_weight	69747.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7137

DYKDDDDKLEVLFQGPGSADLEDNWETLNDNLKVIEKADNAAQVKDALTKMRAAALDAQKATPPKLEDKSPDSPEMKDFRHGFDILVGQIDDALKLANEGKVKEAQAAAEQLKTTRNAYIQKYLMMWGAGSPLAWLSAGSGNVNVSSVGPAEGPTGPAAPLPSPKAWDVVLCISGTLVSCENALVVAIIVGTPAFRAPMFLLVGSLAVADLLAGLGLVLHFAAVFCIGSAEMSLVLVGVLAMAFTASIGSLLAITVDRYLSLYNALTYYSETTVTRTYVMLALVWGGALGLGLLPVLAWNCLDGLTTCGVVYPLSKNHLVVLAIAFFMVFGIMLQLYAQICRIVCGIDCSFWNESYLTGSRDERKKSLLSKFGMDEGVTFMFIGRFDRGQKGVDVLLKAIEILSSKKEFQEMRFIIIGKGDPELEGWARSLEEKHGNVKVITEMLSREFVRELYGSVDFVIIPSYFEPFGLVALEAMCLGAIPIASAVGGLRDIITNETGILVKAGDPGELANAILKALELSRSDLSKFRENCKKRAMSFSRKGIATLAVVLGAFAACWLPFTVYCLLGDAHSPPLYTYLTLLPATYNSMINPIIYAFRNQDVQKVLWAVCCCCSSSKIPFRSRSPSDVLEHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017

Entity 2 polymer

描述 description	Glycogen synthase
分子量 formula_weight	21855.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

GIDCSFWNESYLTGSRDERKKSLLSKFGMDEGVTFMFIGRFDRGQKGVDVLLKAIEILSSKKEFQEMRFIIIGKGDPELEGWARSLEEKHGNVKVITEMLSREFVRELYGSVDFVIIPSYFEPFGLVALEAMCLGAIPIASAVGGLRDIITNETGILVKAGDPGELANAILKALELSRSDLSKFRENCKKRAMSFS

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus abyssi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	29292
宿主生物 host_organism	Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017

Entity 3 non-polymer

描述 description	(Z)-N-(2-hydroxyethyl)octadec-9-enamide
分子量 formula_weight	325.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	tetracosan-1-ol
分子量 formula_weight	354.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	1-DODECANOL
分子量 formula_weight	186.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 6 non-polymer

描述 description	[(2R)-3-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-2-decanoyloxy-propyl] dodecanoate
分子量 formula_weight	551.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 7 non-polymer

描述 description	icosan-1-ol
分子量 formula_weight	298.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 8 non-polymer

描述 description	N-[(4-chloranyl-2-propan-2-yloxy-phenyl)methyl]-5-phenyl-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7-amine
分子量 formula_weight	393.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	285367

fit	/app/data/saxs_computation/m8/9m88/9m88.fit
pddf	/app/data/pr_computation/m8/9m88/9m88.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/m8/9m88/9m88.dat

PGS fused GPR3 dimer with antagonist AF64394

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)