9m8m

Structure of photosynthetic LH1-RC complex the Halophilic Nonsulfur Purple Bacterium, Rhodothalassium salexigens

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 134.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9m8m
沉积日期 deposition_date	2025-03-12
结构标题 title	Structure of photosynthetic LH1-RC complex the Halophilic Nonsulfur Purple Bacterium, Rhodothalassium salexigens
关键词 keywords	LH1-RC COMPLEX, PHOTOSYNTHESIS, PURPLE BACTERIA; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.02 Å
零角强度 I(0) i0	3282720000.00
分子量 molecular_weight	360390.0 kDa
排除体积 excluded_volume	371650 Å³
包络体积 envelope_volume	608370 Å³
水化壳体积 shell_volume	106430 Å³
包络直径 envelope_diameter	134.7 Å
壳层 Rg shell_rg	54.81 Å
包络 Rg envelope_rg	43.57 Å
形状 Rg shape_rg	43.98 Å
总 Rg total_rg	44.42 Å
总原子数 total_atoms	27632
残基数 n_residues	2663
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	134.6 Å
Rg (实空间) rg_real	44.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.59 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2830e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9620e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3284000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8965
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	57.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.041
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.564
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	180300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.925; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.951; Smooth: 0.923

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (21)

Entity 1 polymer

描述 description	Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
分子量 formula_weight	42110.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	27731

MTRTVFNRRLAAAIAGVSVLVVAGCDDPADRPPLDADQVGFRGVAMEQVKNPRLEDIKRAMNEVPAPLYPPIEGDGPMASEVYENVQVLGDLTADQFTRLMAHITEWVVPKEGVPEDRQGCNYCHNPENLAEDWPYTKIVSRKMMQMTRDINSNWQDHVNPNGEGAGVTCYTCHRGNAVPQAVWFTSPEDRPTAVGWDNGQNHPTAAINYSSLPEDPFTEYLLEDNAARVISAKALPNGNASNIMDTEYVYAMMTHMSQGLGVNCTYCHNTRSMAEWSQSPPARAIAWYGIQMTRTVNNNWMAPLASVIPTDSSDWIGGTEFGDRLGPTGDVAKVNCTTCHQNVFKPLYGAKMLKDHPELWGEGDYSADATTASAADAAAGASAQ

Entity 2 polymer

描述 description	Reaction center protein L chain
分子量 formula_weight	30681.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MALLSYERKYRVRGGTLIGGDLFDFWIGPFYVGFFGVTTLFFSFLGTALIIYGAALGPTWNVWQINIAPPDLKYGLGLAPLMDGGLWQIITICAIGAFVSWALREVEICRKLGMGLHVPIAFGVAIFAYVTLVVIRPLLLGAWGHGFPYGIMSHLDWVSNVGYQYLHFHYNPAHMIAVSFFFATTFALGLHGSAILSVSNPHKKGDPIKGTEHEDTFFRDFMGYSIGPLGIHRLGLFLALSAGFWSAVCIVISGPFWVGGWPEWWDWWLELPIWS

Entity 3 polymer

描述 description	Reaction center protein M chain
分子量 formula_weight	35887.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MSEYQNIFTQVQVRGPTYPGVPLPVGNEPRTGKPGFNYWLGKIGNAQLGPIYLGWLGVASLLCGFVAIEIIGLNMAASVNWSPIEFIRQLPWLALEPPAPEYGLSLPPLQEGGWWLMAGFFLTASIILWWVRSYRRAVQLGMGTHVAWAFASAIWLYLVLGFIRPLLMGSWAEAVPFGIFPHLDWTAAFSIRYGNLFYNPFHMLSIAFLYGSTLLFAMHGATILATSRFGGEREVEQIADRGTATERAGLFWRWTMGFNATMESIHRWAWWFAVLTTLTGGIGILLTGTVVDNWYLWGVKHGVAPAYPEVYPPTPDPAAMGGA

Entity 4 polymer

描述 description	Photosynthetic reaction center subunit H
分子量 formula_weight	35239.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

METGALTGYMDVAQVTLYVFWLFFAGLIFYLRREDRREGYPLEKDDGTPEDIGLVWFPKPKEFTLPHGRGTATAGRKDQRKEPIEKVYAWEGSPFEATGNPLLDGVGPATWAERDDHPDLTLEGVNKVVPLRADPDYYPCDGDDDPRGMTVYGADGKAAGTVGDLWIDKADLIVRYLEVELADQPKPAPAPAPKPTPAPTPVATASEGVAKPEDEDQTVAAAPKPAPAPAPAPAPTPKLAKKKTVMVPREFMRVKGPNTFFNKLIGLPSTQPGIYVSALNAEDFKNIPQIKGNDQITALEEEKITAYFGGGRLYSTKEHAGPAL

Entity 5 polymer

描述 description	Light-harvesting complex 1 alpha chain
分子量 formula_weight	6978.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,F,I,K,O,Q,S,U,W,Y,1,3,5,7,9

MWRIWMLFDPRRTLIALFTFLFVLAIFIHFILLSTERFNWLEGNAMEAARAVTQVVGLG

Entity 6 polymer

描述 description	Light-harvesting complex 1 beta chain
分子量 formula_weight	7338.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,G,J,N,P,R,T,V,X,Z,2,4,6,8,0

MADNTGLTGLSEDEAKEFHKIFVQSFIGFTVVAIIAHLLAWSWRPWIPGPEGYASVMDTLSSLPLLG

Entity 7 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 9 non-polymer

描述 description	(2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate
分子量 formula_weight	568.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 11 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 12 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 13 non-polymer

描述 description	BACTERIOCHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	911.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	36

Entity 14 non-polymer

描述 description	BACTERIOPHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	889.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 15 non-polymer

描述 description	UBIQUINONE-10
分子量 formula_weight	863.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 16 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	21

Entity 17 non-polymer

描述 description	(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE
分子量 formula_weight	749.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	28

Entity 18 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 19 non-polymer

描述 description	Menaquinone 10
分子量 formula_weight	853.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 20 non-polymer

描述 description	SPIRILLOXANTHIN
分子量 formula_weight	596.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

Entity 21 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	99

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	229234

fit	/app/data/saxs_computation/m8/9m8m/9m8m.fit
pddf	/app/data/pr_computation/m8/9m8m/9m8m.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/m8/9m8m/9m8m.dat

Structure of photosynthetic LH1-RC complex the Halophilic Nonsulfur Purple Bacterium, Rhodothalassium salexigens

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (21)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

Entity 14 non-polymer

Entity 15 non-polymer

Entity 16 non-polymer

Entity 17 non-polymer

Entity 18 non-polymer

Entity 19 non-polymer

Entity 20 non-polymer

Entity 21 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)