9mb0

Cryo-EM structure of Dengue virus serotype2 THSTI/TRC/01 strain bound with J9 fab

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 177.6 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mb0
沉积日期 deposition_date	2025-03-14
结构标题 title	Cryo-EM structure of Dengue virus serotype2 THSTI/TRC/01 strain bound with J9 fab
关键词 keywords	Antibody binding, fab-virus complex, E-protein, neutralization, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.49 Å
零角强度 I(0) i0	804401000.00
分子量 molecular_weight	235930.0 kDa
排除体积 excluded_volume	296060 Å³
包络体积 envelope_volume	417670 Å³
水化壳体积 shell_volume	75170 Å³
包络直径 envelope_diameter	187.7 Å
壳层 Rg shell_rg	49.79 Å
包络 Rg envelope_rg	47.71 Å
形状 Rg shape_rg	48.48 Å
总 Rg total_rg	48.58 Å
总原子数 total_atoms	16547
残基数 n_residues	2152
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	177.6 Å
Rg (实空间) rg_real	51.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.00 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.1130e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4130e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	804000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6360
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	53.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.678
峰度 Kurtosis kurtosis	0.149
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.0900
最高正则化参数 α highest_alpha	58510000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.709; Stabil: 0.853; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.951; Smooth: 0.670

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Membrane glycoprotein
分子量 formula_weight	8398.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F
原子数 atom_count	16547

SVALVPHVGMGLETRTETWMSSEGAWKHAQRIETWILRHPGFTIMAAILAYTIGTTYFQRVLIFILLTAVAPSMT

Entity 2 polymer

描述 description	Envelope Glycoprotein
分子量 formula_weight	54262.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E

MRCIGISNRDFVEGVSGGSWVDIVLEHGSCVTTMAKNKPTLDFELIKTEAKQPATLRKYCIEAKLTNTTTASRCPTQGEPSLNEEQDKRFVCKHSMVDRGWGNGCGLFGKGGIVTCAMFTCKKNMEGKIVQPENLEYTIVITPHSGEENAVGNDTGKHGKEVKVTPQSSITEAELTGYGTVTMECSPRTGLDFNEMVLLQMENKAWLVHRQWFLDLPLPWLPGADTQGSNWIQKETLVTFKNPHAKKQDVVVLGSQEGAMHTALTGATEIQMSSGNLLFTGHLKCRLRMDKLQLKGMSYSMCTGKFKVVKEIAETQHGTIVIRVQYEGDGSPCKIPFEIMDLEKRHVLGRLITVNPIVTEKDSPVNIEAEPPFGDSYIIIGVEPGQLKLSWFKKGSSIGQMFETTMRGAKRMAILGDTAWDFGSLGGVFTSIGKALHQVFGAIYGAAFSGVSWTMKILIGVVITWIGMNSRSTSLSVSLVLVGVVTLYLGVMVQA

Entity 3 polymer

描述 description	J9 heavy chain variable region
分子量 formula_weight	12754.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,K

AEVRKPGSSVKVSCKTSGGSLNSYGISWVRQAPGGQGLEWMGGIIPFFGTVIYSDNYQGRASFSSDESTTTAYMELRSLRSEDTAVYYCARYCYSASCYHNWFDPWGQGTLVTVST

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	J9 Light chain variable region
分子量 formula_weight	11333.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,M

VLTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVGSSLAWYQQKPGQAPRLLIYDASKRASGFPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPGDFAVYYCQQRSSWPPYMYTFGQGTKL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	7.21 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	668

fit	/app/data/saxs_computation/mb/9mb0/9mb0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mb/9mb0/9mb0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mb/9mb0/9mb0.dat

Cryo-EM structure of Dengue virus serotype2 THSTI/TRC/01 strain bound with J9 fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)