9mb1

Helical Reconstruction of DENV2 THSTI/TRC/01 tubular particles bound with J9 fab

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 141.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mb1
沉积日期 deposition_date	2025-03-14
结构标题 title	Helical Reconstruction of DENV2 THSTI/TRC/01 tubular particles bound with J9 fab
关键词 keywords	;Dengue virus, neutralizing antibody binding, fab-virus complex, E-protein, helical, flavivirus, VIRUS, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex ;; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.58 Å
零角强度 I(0) i0	501809000.00
分子量 molecular_weight	181790.0 kDa
排除体积 excluded_volume	226680 Å³
包络体积 envelope_volume	284870 Å³
水化壳体积 shell_volume	57886 Å³
包络直径 envelope_diameter	151.9 Å
壳层 Rg shell_rg	45.44 Å
包络 Rg envelope_rg	42.21 Å
形状 Rg shape_rg	42.54 Å
总 Rg total_rg	42.84 Å
总原子数 total_atoms	12760
残基数 n_residues	1666
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	141.1 Å
Rg (实空间) rg_real	42.54 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0180e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.1200e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	501800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8893
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	45.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.324
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.464
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	32710000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.917; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.821

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Envelope Glycoprotein
分子量 formula_weight	54262.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	12760

MRCIGISNRDFVEGVSGGSWVDIVLEHGSCVTTMAKNKPTLDFELIKTEAKQPATLRKYCIEAKLTNTTTASRCPTQGEPSLNEEQDKRFVCKHSMVDRGWGNGCGLFGKGGIVTCAMFTCKKNMEGKIVQPENLEYTIVITPHSGEENAVGNDTGKHGKEVKVTPQSSITEAELTGYGTVTMECSPRTGLDFNEMVLLQMENKAWLVHRQWFLDLPLPWLPGADTQGSNWIQKETLVTFKNPHAKKQDVVVLGSQEGAMHTALTGATEIQMSSGNLLFTGHLKCRLRMDKLQLKGMSYSMCTGKFKVVKEIAETQHGTIVIRVQYEGDGSPCKIPFEIMDLEKRHVLGRLITVNPIVTEKDSPVNIEAEPPFGDSYIIIGVEPGQLKLSWFKKGSSIGQMFETTMRGAKRMAILGDTAWDFGSLGGVFTSIGKALHQVFGAIYGAAFSGVSWTMKILIGVVITWIGMNSRSTSLSVSLVLVGVVTLYLGVMVQA

Entity 2 polymer

描述 description	J9 Heavy chain variable region
分子量 formula_weight	23616.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,K

QVQLVQSGAEVRKPGSSVKVSCKTSGGSLNSYGISWVRQAPGGQGLEWMGGIIPFFGTVIYSDNYQGRASFSSDESTTTAYMELRSLRSEDTAVYYCARYCYSASCYHNWFDPWGQGTLVTVSTASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	J9 Light chain variable region
分子量 formula_weight	23693.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,M

DIVLTQSPATLSLSPGERATLSCRASQSVGSSLAWYQQKPGQAPRLLIYDASKRASGFPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPGDFAVYYCQQRSSWPPYMYTFGQGTKLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	14.41 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	5769

fit	/app/data/saxs_computation/mb/9mb1/9mb1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mb/9mb1/9mb1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mb/9mb1/9mb1.dat

Helical Reconstruction of DENV2 THSTI/TRC/01 tubular particles bound with J9 fab

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)