9mcy

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN IGG1 FC FRAGMENT-FC-GAMMA RECEPTOR IIA COMPLEX R131 VARIANT

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 175.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mcy
沉积日期 deposition_date	2024-12-05
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN IGG1 FC FRAGMENT-FC-GAMMA RECEPTOR IIA COMPLEX R131 VARIANT
关键词 keywords	IMMUNOGLOBULIN, IGG1, IMMUNE SYSTEM, IMMUNOGLOBULIN-LIKE BETA SANDWICH, FC FRAGMENT, FC GAMMA RECEPTOR IIA, CD32A; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	54.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	54.52 Å
零角强度 I(0) i0	288230000.00
分子量 molecular_weight	141540.0 kDa
排除体积 excluded_volume	177410 Å³
包络体积 envelope_volume	281760 Å³
水化壳体积 shell_volume	46435 Å³
包络直径 envelope_diameter	185.0 Å
壳层 Rg shell_rg	51.68 Å
包络 Rg envelope_rg	52.39 Å
形状 Rg shape_rg	54.51 Å
总 Rg total_rg	54.45 Å
总原子数 total_atoms	9972
残基数 n_residues	1194
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	175.8 Å
Rg (实空间) rg_real	54.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.08 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8820e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.0140e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	53.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	287800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5437
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	42.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.479
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.604
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15420000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.736; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.017; Positv: 1.000; Valcen: 0.793; Smooth: 0.013

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Immunoglobulin gamma-1 heavy chain Fc fragment
分子量 formula_weight	25097.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	10017

TCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Fc gamma receptor IIA R131 variant
分子量 formula_weight	19429.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

APPKAVLKLEPPWINVLQEDSVTLTCQGARSPESDSIQWFHNGNLIPTHTQPSYRFKANNNDSGEYTCQTGQTSLSDPVHLTVLSEWLVLQTPHLEFQEGETIMLRCHSWKDKPLVKVTFFQNGKSQKFSRLDPTFSIPQANHSHSGDYHCTGNIGYTLFSSKPVTITVQVPS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 branched

描述 description	;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1463.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	11

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	48.993 Å
晶胞边长 b length_b	76.229 Å
晶胞边长 c length_c	120.046 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	96.60 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.24 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.08 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.850 Å
最低分辨率 resolution_low	39.890 Å
R 因子 r_factor	0.1796
R_work r_work	0.1766
R_free r_free	0.2361

fit	/app/data/saxs_computation/mc/9mcy/9mcy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mc/9mcy/9mcy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mc/9mcy/9mcy.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN IGG1 FC FRAGMENT-FC-GAMMA RECEPTOR IIA COMPLEX R131 VARIANT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 branched

Entity 4 branched

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)