SAXSdb — 9md1

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9md1
沉积日期 deposition_date	2024-12-05
最后修订 last_revision	2025-08-13
结构标题 title	Buspirone-bound serotonin 1A (5-HT1A) receptor-Gz protein complex
关键词 keywords	GPCR Signaling Complex, Serotonin Receptor, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.71 Å
零角强度 I(0) i0	191918000.00
分子量 molecular_weight	121080.0 kDa
排除体积 excluded_volume	155380 Å³
包络体积 envelope_volume	210090 Å³
水化壳体积 shell_volume	46325 Å³
包络直径 envelope_diameter	149.9 Å
壳层 Rg shell_rg	43.04 Å
包络 Rg envelope_rg	38.42 Å
形状 Rg shape_rg	38.66 Å
总 Rg total_rg	39.21 Å
总原子数 total_atoms	8507
残基数 n_residues	1044
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	143.0 Å
Rg (实空间) rg_real	39.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9190e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.8240e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	191900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8420
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.472
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.234
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	30420000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.717; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.815; Smooth: 0.974

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(z) subunit alpha
分子量 formula_weight	40978.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8507

MGCRQSSEEKEAARRSRRIDRHLRSESQRQRREIKLLLLGTSNSGKSTIVKQMKIIHSGGFNLEACKEYKPLIIYNAIDSLTRIIRALAALRIDFHNPDRAYDAVQLFALTGPAESKGEITPELLGVMRRLWADPGAQACFSRSSEYHLEDNAAYYLNDLERIAAADYIPTVEDILRSRDMTTGIVENKFTFKELTFKMVDVGGQRSERKKWIHCFEGVTAIIFCVELSGYDLKLYEDNQTSRMAESLRLFDSICNNNWFINTSLILFLNKKDLLAEKIRRIPLTICFPEYKGQNTYEEAAVYIQRQFEDLNRNKETKEIYSHFTCATDTSNIQFVFDAVTDVIIQNNLKYIGLC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子量 formula_weight	39418.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MHHHHHHLEVLFQGPGSSGSELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYAMHWGTDSRLLVSASQDGKLIIWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNICSIYNLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSSGDTTCALWDIETGQQTTTFTGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNAFATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDALKADRAGVLAGHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 3 polymer

描述 description	Soluble cytochrome b562,5-hydroxytryptamine receptor 1A
分子量 formula_weight	61375.9 kDa
突变 mutation	L125W
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,R

MKTIIALSYIFCLVFADYKDDDDAKLQTMHHHHHHHHHHENLYFQGGTTADLEDNWETLNDNLKVIEKADNAAQVKDALTKMRAAALDAQKATPPKLEDKSPDSPEMKDFRHGFDILVGQIDDALKLANEGKVKEAQAAAEQLKTTRNAYIQKYLTGISDVTVSYQVITSLLLGTLIFCAVLGNACVVAAIALERSLQNVANYLIGSLAVTDLMVSVLVLPMAALYQVLNKWTLGQVTCDLFIALDVLCCTSSIWHLCAIALDRYWAITDPIDYVNKRTPRRAAALISLTWLIGFLISIPPMLGWRTPEDRSDPDACTISKDHGYTIYSTFGAFYIPLLLMLVLYGRIFRAARFRIRKTVKKVEKTGADTRHGASPAPQPKKSVNGESGSRNWRLGVESKAGGALCANGAVRQGDDGAALEVIEVHRVGNSKEHLPLPSEAGPTPCAPASFERKNERNAEAKRKMALARERKTVKTLGIIMGTFILCWLPFFIVALVLPFCESSCHMPTLLGAIINWLGYSNSLLNPVIYAYFNKDFQNAFKKIIKCKFCRQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 4 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子量 formula_weight	8506.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MASNNTASIAQARKLVEQLKMEANIDRIKVSKAAADLMAYCEAHAKEDPLLTPVPASENPFREKKFFCAILGSAGSAGSA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 5 non-polymer

描述 description	Buspirone
分子量 formula_weight	385.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL
分子量 formula_weight	386.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 7 non-polymer

描述 description	;[(2R)-1-[oxidanyl-[(2R,3R,5S,6R)-2,3,5,6-tetrakis(oxidanyl)-4-phosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-3-tetradecanoyloxy-propan-2-yl] (5E,8E)-hexadeca-5,8,11,14-tetraenoate ;
分子量 formula_weight	854.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.03 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	447065

fit	/app/data/saxs_computation/md/9md1/9md1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/md/9md1/9md1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/md/9md1/9md1.dat

Buspirone-bound serotonin 1A (5-HT1A) receptor-Gz protein complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)