9mdo

Crystal Structure of Y559A Prosegment Binding Loop Mutant of C0362 (TDE_0362 [TDE0362] resi 205-647)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 103.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9mdo
沉积日期 deposition_date	2024-12-05
最后修订 last_revision	2025-02-12
结构标题 title	Crystal Structure of Y559A Prosegment Binding Loop Mutant of C0362 (TDE_0362 [TDE0362] resi 205-647)
关键词 keywords	Papain-superfamily cysteine protease, virulence factor, TDE_0362, alpha/beta hydrolase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.16 Å
零角强度 I(0) i0	41053100.00
分子量 molecular_weight	50442.0 kDa
排除体积 excluded_volume	63248 Å³
包络体积 envelope_volume	78290 Å³
水化壳体积 shell_volume	25548 Å³
包络直径 envelope_diameter	108.7 Å
壳层 Rg shell_rg	32.35 Å
包络 Rg envelope_rg	28.90 Å
形状 Rg shape_rg	28.15 Å
总 Rg total_rg	28.63 Å
总原子数 total_atoms	3564
残基数 n_residues	432
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.1 Å
Rg (实空间) rg_real	28.68 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.14 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1050e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.3180e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	41050000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7694
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.678
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.089
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8882000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.517; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.502; Smooth: 0.947

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Bacterial Ig-like domain protein C0362
分子量 formula_weight	55413.3 kDa
突变 mutation	Y559A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3910

MTVTIEIKKKPQIKYEEKQAVMPESAAGTYTFEVQTIDGKLDYEPYFTSSTLPWITGAPTISSRTDPNKDVISFTCLKNKTVWNRRAYIKFKDKKTGQYIKGADGKADLTVNIIQKKNENPVVHYKWVDGIGAPTENQKIKMKIKNNGIETEDYFTDPFVFKWKETADTKFYNVRKLDKLYVQGQFPSNYFVINGIRNEQIQGRDISQCWAKTASNMLHWWFEQNKDYIEQYKQKAAIEEWKRPLYKHDYIRGLQDEDEGKKSNIANIFRAYSHNNARGGYIEDGLTWYLYKRDGQKNLGSIYPGLFNDVFAHDTSPINIERCETKKEFEQLMNKTLDNKRAIGIFWQGSKGNRPAQHAVTCWGAAYDEDNNIICLYIAESNLPEAVLYPFGVRYKGNIYEEAEKNRTYMFNYALSKPENIYIDGLTTLDKGEDQWKKWLEAHQKGELNSKLEGKPIPNPLLGLDSTRTGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Treponema denticola
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	158
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	276

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	40.965 Å
晶胞边长 b length_b	99.558 Å
晶胞边长 c length_c	120.394 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.020 Å
最低分辨率 resolution_low	46.000 Å
R 因子 r_factor	0.1822
R_work r_work	0.1796
R_free r_free	0.2322

fit	/app/data/saxs_computation/md/9mdo/9mdo.fit
pddf	/app/data/pr_computation/md/9mdo/9mdo.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/md/9mdo/9mdo.dat

Crystal Structure of Y559A Prosegment Binding Loop Mutant of C0362 (TDE_0362 [TDE0362] resi 205-647)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction