9med

;Crystal Structure Pyrophosphate-fructose 6-phosphate 1-phosphotransferase 1 (Pfk1) from Trichomonas vaginalis (AMP/beta-D-Glucose-6-phosphate complex) ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 102.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9med
沉积日期 deposition_date	2024-12-06
最后修订 last_revision	2024-12-18
结构标题 title	;Crystal Structure Pyrophosphate-fructose 6-phosphate 1-phosphotransferase 1 (Pfk1) from Trichomonas vaginalis (AMP/beta-D-Glucose-6-phosphate complex) ;
关键词 keywords	;SSGCID, STRUCTURAL GENOMICS, SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE, Pyrophosphate--fructose 6-phosphate 1-phosphotransferase 1, Trichomonas vaginalis, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.49 Å
零角强度 I(0) i0	530317000.00
分子量 molecular_weight	186010.0 kDa
排除体积 excluded_volume	232800 Å³
包络体积 envelope_volume	284970 Å³
水化壳体积 shell_volume	65752 Å³
包络直径 envelope_diameter	104.9 Å
壳层 Rg shell_rg	43.65 Å
包络 Rg envelope_rg	33.49 Å
形状 Rg shape_rg	33.51 Å
总 Rg total_rg	34.12 Å
总原子数 total_atoms	13043
残基数 n_residues	1680
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	102.1 Å
Rg (实空间) rg_real	34.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3030e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.0000e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	530400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8973
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	46.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.066
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.504
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	382800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.931; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.961; Smooth: 0.906

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Pyrophosphate--fructose 6-phosphate 1-phosphotransferase 1
分子量 formula_weight	47625.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.90
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	13064

MAHHHHHHMSTEAPVLGILCGGGPAPGLNGVIAGATLYALRLGWKVIGFMEGFKYLCTGDVDVVKAHTIDLTYDIVSRIHFQGGTIIQTSRANPRKSPELQENVRKCLRALKVRYFLTIGGDDTASSAVSVASGMNGNEISVISCPKTIDNDLPLPADQSTFGFHTARSLGMEIIRNLMVDSKSAPRWFLVEAMGRSAGHLALGMAEASGAHLCLIPEEFKQDEIEFEDVVELVEATILKRLAYGKNYGVCVLAEGLVSKMSKKALYKLFGNREPPTDPHGHILLDDAELARSLSEELLKRLGNLGIRITPKKIGYELRCADPVAFDAVYTRELGYGAIDAFLNGHSAALIVRENGQVKPVQFKDLLDPATGRVRTRLVDVTSQSFKVARVYMWRMSKKDYENKDLVARVAAAGKMTPEAFTEKFAHLTDVVVE

来源 Source

来源生物 organism	Trichomonas vaginalis G3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	412133
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	347.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 4 non-polymer

描述 description	PYROPHOSPHATE
分子量 formula_weight	178.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	6-O-phosphono-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	260.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	16

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	86.875 Å
晶胞边长 b length_b	86.875 Å
晶胞边长 c length_c	475.979 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.620 Å
最低分辨率 resolution_low	48.570 Å
R 因子 r_factor	0.1944
R_work r_work	0.1923
R_free r_free	0.2342

fit	/app/data/saxs_computation/me/9med/9med.fit
pddf	/app/data/pr_computation/me/9med/9med.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/me/9med/9med.dat